Lietuvos ir JK bendradarbiavimas karinėje srityje grindžiamas 1994 metais šalių gynybos ministerijų pasirašytu tarpusavio supratimo memorandumu dėl ryšių ir bendradarbiavimo gynybos srityje. JK gynybos ir Lietuvos krašto apsaugos ministerijos kasmet sudaro dvišalius bendradarbiavimo planus, kurie apima kelias dešimtis bendrų renginių kariuomenės daliniuose JK ir Lietuvoje, praneša KAM.
JK reikšmingai prisidėjo prie Lietuvos karinio mokymo sistemos vystymo (JK kariniai instruktoriai dirbo kuriant Didžiojo Lietuvos etmono Jonušo Radvilos mokomąjį pulką, reformuojant J. Žemaičio Lietuvos karo akademiją ir Divizijos generolo Stasio Raštikio puskarininkių mokyklą, kt.); JK taip pat buvo pagrindinė Lietuvos partnerė planuojant ir įgyvendinant gynybos valdymo reformą. Britų kariuomenės ekspertai taip pat konsultuoja resursų ir įsigijimo valdymo, gynybos planavimo, vadybos ir biudžeto formavimo, rezervo reformos klausimais.
JK karinių oro pajėgų kontingentas su keturiais naikintuvais F3 „Tornado“ 2004 m. pabaigoje – 2005 m. pradžioje dalyvavo NATO oro erdvės policijos misijoje Baltijos valstybėse.
