Vertindami valstybės lėšų panaudojimo teisėtumą, auditoriai nustatė, kad ministerija valstybės biudžetui padarė per 3 mln. litų žalos. Teismui pripažinus ministerijos kaltę netinkamai vykdžius sutartinius įsipareigojimus, netinkamai administravus projektą ir vienašališkai nutraukus sutartį su uždarąja akcine bendrove, 3 038,3 tūkst. Lt biudžeto asignavimų buvo panaudota sumokėti skolą ir avansą už darbus, kurių pritaikyti nėra ir nebus galimybės.
Teismams pripažinus neteisėtais Valstybinės akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnybos darbuotojų ir Valstybinės visuomenės sveikatos priežiūros tarnybos vadovo ir darbuotojų atleidimus, dar 309,7 tūkst. Lt valstybės lėšų panaudota nedirbusių darbuotojų darbo užmokesčiui už priverstinės pravaikštos laiką ir susijusioms socialinio draudimo įmokoms sumokėti.
Audito metu taip pat nustatyta, kad Užkrečiamųjų ligų ir AIDS centras nesiėmė pakankamai veiksmingų priemonių, kad atsisakytų nebūdingos veiklos – elektros energijos tiekimo ir šalto vandens pardavimo fiziniams asmenims. Nuo šios veiklos vykdymo pradžios centras 101,9 tūkst. Lt sumokėjo už fiziniams asmenims suteiktas ir jų neapmokėtas komunalines paslaugas.
Vertindami valstybės lėšų panaudojimo teisėtumą, auditoriai nustatė, kad ministerija valstybės biudžetui padarė per 3 mln. litų žalos.
Be to, centras nesiėmė jokių teisinių priemonių iš elektros energijos tiekėjo išieškoti gyventojų įsiskolinimo ir patirtų nuostolių sumą, susidariusią dėl tiekėjo taikytų juridiniams asmenims skirtų tarifų už faktiškai gyventojų suvartotą elektros energiją, todėl patyrė 30,1 tūkst. Lt žalą.
Vertindami valstybės turto valdymo teisėtumą, auditoriai nustatė, kad ministerijai neįregistravus patikėjimo teisės į valstybei nuosavybės teise priklausančius pastatus (poilsiavietes Neringoje ir Latežerių k.), valstybė negavo 173,6 tūkst. Lt pajamų už turto nuomą.
Siekiant teisėto ir racionalaus valstybės biudžeto lėšų naudojimo, Valstybės kontrolė Sveikatos apsaugos ministerijai pateikė rekomendacijas su terminais nustatytiems trūkumams šalinti.
