K.Prunskienė teismui skundėsi, kad Liustracijos komisija praėjusių metų rugsėjį negalėjo jos atžvilgiu priimti teisėto ir pagrįsto nutarimo, nes jai nesuteikta teisė pakeisti Vilniaus apygardos teismo 2003 metų gegužės 15 dieną priimto sprendimo ir priimti to sprendimo neatitinkantį administracinį aktą.
Vilniaus apygardos administracinio teismo teisėjų kolegija, išnagrinėjusi administracinę bylą priėjo išvados, kad Vilniaus apygardos teismas, 2003 metais priimdamas sprendimą dėl K.Prunskienės, turėjo įstatyminius įgaliojimus ir buvo kompetentingas spręsti Aukščiausiojo teismo sprendimo panaikinimo klausimą, o Liustracijos komisija praėjusių metų rugsėjį priimdama nutarimą, vadovavosi negaliojančiu 1992 metų Aukščiausiojo Teismo sprendimu.
Vilniaus apygardos administracinis teismas pabrėžė, kad Liustracijos komisija, manydama, kad yra pagrindas pakeisti Vilniaus apygardos teismo sprendimą, visų pirma turi pasinaudoti proceso atnaujinimo galimybe, tačiau ja, priimdama savo sprendimą, nepasinaudojo.
Toks Vilniaus administracinio teismo sprendimas per 14 dienų nuo jo paskelbimo dienos gali būti skundžiamas apeliaciniu skundu Lietuvos vyriausiajam administraciniam teismui.
Bendradarbiavimo su KGB šleifas K.Prunskienę persekioja jau beveik du dešimtmečius. Neva Šatrijos slapyvardį turėjusi K.Prunskienė sovietinėms slaptosioms tarnyboms rašydavo ataskaitas iš savo užsienio kelionių.
1992 metais Aukščiausiasis Teismas pripažino bendradarbiavimo faktą, tačiau po 11 metų Vilniaus apygardos teismas Aukščiausiojo Teismo sprendimą panaikino ir K.Prunskienę teisiškai reabilitavo. Nepaisant to, jos politiniai oponentai kiekviena proga stengiasi priminti K.Prunskienės praeitį.
