Teismas konstatavo, kad Kultūros paveldo departamentas kreipėsi į Lietuvos vyriausiąjį administracinį teismą, prašydamas atnaujinti administracinę bylą, pateikdamas įrodymus apie padarytus teisės taikymo pažeidimus, kurie turėjo įtakos priimant neteisėtą sprendimą. Nors STT Klaipėdos valdyba ir Klaipėdos apygardos prokuratūra žinojo apie šį departamento pateiktą prašymą, tačiau tyrimą užbaigė, surašė kaltinamąjį aktą ir perdavė baudžiamąją bylą Klaipėdos miesto apylinkės teismui, nesulaukę Lietuvos vyriausiojo administracinio teismo sprendimo.
Taip pat nustatyta, jog ikiteisminio tyrimo metu nebuvo aiškintasi, ar įpareigojimas suderinti žemės sklypo, esančio Herkaus Manto g. 11, Klaipėdoje, detalųjį planą pagal KPD Klaipėdos teritorinio padalinio planavimo sąlygas neprieštarauja Teritorijų planavimo įstatymo bei Nekilnojamojo kultūros paveldo apsaugos įstatymo normoms, ar kaltinamasis N.Puteikis padarė nusikalstamą veiką ir ar jo padaryti veiksmai užtraukia baudžiamąją atsakomybę.
Konstatuota, kad Klaipėdos apygardos prokuratūra ikiteisminio tyrimo metu nenagrinėjo N.Puteikio pateikto skundo, nors privalėjo tai padaryti, kol vyko ikiteisminis tyrimas. Taip buvo pažeistos N.Puteikio procesinės teisės.
Teismas įpareigojo prokuratūrą per tris mėnesius nustatytus pažeidimus pašalinti.
