Generalinis prokuroras paskyrė prokurorę į Lietuvos nacionalinio nario Eurojuste (ES teisinio bendradarbiavimo padalinys) pareigas ir pratęsė jos delegavimo trukmę, nesivadovaudamas delegavimą reglamentuojančiu įstatymu. Todėl Generalinės prokuratūros 2013 metais patirtos 188,8 tūkst. Lt su delegavimu susijusios išlaidos (2009–2013 m. – iš viso 966,2 tūkst. Lt) buvo dengiamos iš Generalinei prokuratūrai, o ne iš Užsienio reikalų ministerijai, kuri koordinuoja asmenų delegavimą į užsienio institucijas, tam tikslui skirtų valstybės biudžeto asignavimų.
Auditoriai taip pat nustatė, kad kvalifikaciniai rangai prokurorams suteikti nesivadovaujant Prokuratūros įstatymu (neatsižvelgus į Atestacijos komisijos išvadas) ir Skatinimo tvarka. Prokurorai skatinti suteikiant aukštesnius kvalifikacinius rangus vieną ar du kartus per vienerius metus, nenuosekliai, neįvertinus jų kvalifikacijos, o tik už asmenines ir dalykines savybes, procesinės veiklos statistinius duomenis, teikimuose nenurodytas ir nepagrįstas pavyzdingas pareigų atlikimas ar pasižymėjimas tarnyboje. 2013 metais generalinis prokuroras 850 kartų suteikė aukštesnius kvalifikacinius rangus 647 prokurorams. Taip valstybei atsirado papildomas metinis 3,3 mln. Lt ilgalaikis finansinis įsipareigojimas.
Institucija pirko darbų ir paslaugų už 6,2 mln. Lt dirbtinai apribojusi konkurenciją, nes konkursų sąlygose nustatė tiekėjams neproporcingus reikalavimus.
Įvertinus Generalinės prokuratūros 2013 metais vykdytus darbų, prekių ir paslaugų įsigijimus, nustatyti Viešųjų pirkimų įstatymo pažeidimai. Institucija pirko darbų ir paslaugų už 6,2 mln. Lt dirbtinai apribojusi konkurenciją, nes konkursų sąlygose nustatė tiekėjams neproporcingus reikalavimus.
Audito metu taip pat buvo nustatyti turto valdymo ir naudojimo trūkumai. Generalinė prokuratūra, laiku neperskaičiavusi nuomos mokesčio už tarnybinių gyvenamųjų patalpų nuomą, negavo 72,4 tūkst. Lt pajamų, kurias galėjo panaudoti programoms vykdyti. Be to, perduodama laikinai neatlygintinai valdyti ir naudotis patikėjimo teise valdomas administracines patalpas, institucija nekontroliavo, kad panaudos gavėjai savo lėšomis apdraustų gautą turtą.
Valstybės kontrolė rekomendavo Generalinei prokuratūrai teisės aktų nustatyta tvarka imtis priemonių, kad darbuotojų veiksmai, rengiant ir priimant įsakymus dėl atleidimo iš pareigų, kurie vėliau pripažinti kaip neteisėti, būtų įvertinti, ir spręsti klausimą dėl galimos 187 tūkst. Lt žalos atlyginimo.
