Antrus metus iš eilės Valstybės kontrolė nurodė ministerijai, kad ši krašto apsaugos sistemos centralizuotą aprūpinimą organizuoja pažeisdama Valstybės ir savivaldybių turto valdymo, naudojimo ir disponavimo juo įstatymą ir su juo susijusius teisės aktus. Neįgyvendinus pernai teiktos rekomendacijos, pažeidimai kartojami.
Ministerija neįgyvendino ir kitos ankstesnio audito metu teiktos rekomendacijos. Nustačius, kad aptarnavimo ir maitinimo paslaugas teikianti privati įmonė ministerijos patalpomis ir įranga naudojasi nemokamai, buvo rekomenduota šį klausimą išspręsti vadovaujantis teisės aktais. 2013 metais baigus galioti su privačia įmone sudarytai aptarnavimo ir maitinimo paslaugų sutarčiai, ministerija atliko viešąjį pirkimą ir iš tos pačios įmonės nusipirkusi paslaugas vėl leido jai neatlygintinai naudoti patalpas, baldus, virtuvės įrangą ir ūkinį inventorių.
Teisės aktuose nenumatyta galimybė kariams, kuriems mokamos maitinimosi išlaidų piniginės kompensacijos, valstybės biudžeto lėšomis dar ir mažinti maisto kainą. Nepaisant to, Lietuvos kariuomenė mažino parduodamo maisto kainas, tokiu būdu 2013 metais tam išleisdama daugiau kaip 2,6 mln. Lt.
Ministerijai pateikta pastabų dėl karinės įrangos įsigijimo. 2013 metais Krašto apsaugos ministerija beveik 2,8 mln. Lt, o Lietuvos kariuomenė daugiau kaip 8,6 mln. Lt panaudojo valstybės kapitalo investicijoms, kurios nebuvo įtrauktos į Valstybės investicijų 2013–2015 metų programą.
Krašto apsaugos ministerijai pavaldi Ryšių ir informacinių sistemų tarnyba nesilaikė viešųjų pirkimų įstatymo ir neteisingai nustatė kompiuterių įrangos, organizacinės technikos ir telekomunikacinės įrangos numatomo pirkimo vertę ir dėl to pasirinko netinkamą viešojo pirkimo būdą, kuriuo įsigijo daugiau kaip 1,1 mln. Lt vertės įrangą ir techniką. Pasirinkus netinkamą viešojo pirkimo būdą, buvo apribota galimybė konkurse dalyvauti didesniam skaičiui tiekėjų ir įsigyti prekes mažesne kaina.
Valstybės kontrolė taip pat kreipėsi į Generalinę prokuratūrą su prašymu apginti viešąjį interesą ir išieškoti valstybės biudžetui padarytą 350,8 tūkst. Lt žalą, teismui pripažinus neteisėtais trijų karių atleidimus.