Kaip teigiama Valstybės kontrolės pranešime spaudai, dviejų administracinių pastatų rekonstrukcijos darbams 2006–2009 m. Valstybės investicijų projekte buvo numatyta skirti daugiau nei 22 mln. Lt, o išleista per 27 mln. Lt. Nors projektui numatytos lėšos buvo viršytos, tačiau rekonstruotas tik vienas pastatas. Auditoriai konstatavo, kad daugiau kaip pusę darbų ministerija nupirko neskelbiamų derybų būdu iš darbus jau vykdžiusio rangovo. Rekonstrukcijos darbai buvo vykdomi pagal netinkamai parengtą projektą, dėl kurio keitimų prireikė papildomų biudžeto lėšų, buvo nesilaikoma Viešųjų pirkimų įstatymo.
Žemės ūkio ministerijoje ir jai pavaldžiose įstaigose auditoriai nustatė buhalterinės apskaitos klaidų. Pavyzdžiui, Vilniaus ir Kauno augalų veislių tyrimo stočių apskaitoje įregistruoti ankstesniaisiais metais įsigyti beveik 5 mln. Lt vertės pastatai ir statiniai, nesant jų vertę pagrindžiančių įsigijimo dokumentų.
Ministerija, nesilaikydama teisės aktų reikalavimų, apskaitos duomenų tinklo kūrimo ir įgyvendinimo darbams vykdyti VšĮ Lietuvos žemės ūkio konsultavimo tarnybai pervedė 1,4 mln. Lt, nors šiuos darbus turėjo pirkti Viešųjų pirkimų įstatyme numatyta tvarka. Ministerija automobilių remonto paslaugas pirko netaikydama nė vieno ministerijos viešųjų supaprastintų pirkimų taisyklėse numatyto pirkimo būdo ir už jas sumokėjo 93 tūkst. Lt jau pasibaigus sutarties galiojimo terminui.
Kauno ir Vilniaus augalų veislių tyrimo stotys patikėjimo teise valdomas gyvenamąsias ir negyvenamąsias patalpas išnuomojo nesivadovaudamos valstybės turto nuomą reglamentuojančiais teisės aktais. Kauno augalų veislių tyrimo stotis ne viešo konkurso būdu gyvenamąsias patalpas išnuomojo įstaigoje nedirbantiems asmenims. Vilniaus augalų veislių tyrimo stotis, neturėdama tokios teisės, išnuomojo Nekilnojamojo turto registre neįregistruotą asfaltuotą aikštelę vairavimo mokymo paslaugas teikiančiai privačiai bendrovei.
Atsižvelgusi į auditorių pastabas ministerija parengs Vyriausybės nutarimo projektą dėl patalpų perdavimo Kauno rajono savivaldybei, o Vilniaus augalų veislių tyrimo stotis sutartį dėl asfaltuotos aikštelės ir negyvenamųjų patalpų nuomos nutraukė.
