Ypač daug pastebėjimų valstybiniai auditoriai turėjo Vilniaus pedagoginiam universitetui, dėl kurio valstybės kontrolieriaus pavaduotojas priėmė sprendimą, įpareigodamas universiteto rektorių išieškoti universitetui padarytą 206 tūkst. Lt žalą ir traukti atsakomybėn pažeidimus padariusius asmenis.
Nustatyta, kad VPU administracijos ir pagalbinio personalo darbuotojams pažeidžiant Vyriausybės nutarimą vienam darbuotojui išmokėjo didesnį tarnybinį atlyginimą, keletui kitų – didesnius priedus ir priemokas, nei leidžia teisės aktai. Iš viso nepagrįstai išmokėta 206 tūkst. Lt. Be to, pagal 2007-2008 m. priimtus įsakymus 11 administracijos darbuotojų už padidėjusį darbo krūvį 2010 m. išmokėta 72 tūkst. Lt priedų. Dar 237 tūkst. Lt priedų universitete išmokėti nenurodant, už kokius papildomus darbus jie buvo skirti.
Auditoriams įvertinus VPU vykdytą valgyklos rekonstrukcijos investicinį projektą, kurio vertė siekė 18 mln. Lt, nustatyta, kad sudarant rangos sutartį buvo pažeistas Viešųjų pirkimų įstatymas. Universitetas, pažeisdamas reikalavimą nekeisti pirkimo dokumentuose bei pasiūlyme nustatytų pirkimo sąlygų, į sutartį įtraukė nuostatą, pagal kurią rangovui dėl rangos darbų indeksacijos papildomai sumokėjo 760 tūkst. Lt. Be to, universitetas sutartyje nenustatė užsakovo rezervo kainodaros taisyklių, o pirkdamas papildomus darbus už 268 tūkst. Lt netaikė viešųjų pirkimų procedūrų.
Viešųjų pirkimų įstatymą VPU pažeidė ir pirkdamas paslaugas pagal autorines sutartis. 2010 m. universitetas, netaikydamas viešųjų pirkimų procedūrų, su savo darbuotojais ir kitais asmenimis sudarė autorines sutartis už 737 tūkst. Lt, kuriomis įsigijo leidybos, kvalifikacijos tobulinimo programų ir jų mokomųjų medžiagų parengimo, mokslo darbų santraukų vertimo į anglų kalbą, dviejų investicinių projektų ir jų aprašymų parengimo ir kitų paslaugų pirkimo paslaugas.
Valstybės kontrolė pastabų VPU turėjo ir dėl netinkamai vykdomos valdomų pastatų ir statinių techninės priežiūros. Auditoriai negalėjo patvirtinti, kad perkant statybines ir remonto medžiagas, skirtas universiteto turtui atnaujinti, VPU 189 tūkst. Lt valstybės biudžeto lėšų panaudojo pagrįstai ir ekonomiškai, nes nebuvo parengti įsigytų medžiagų poreikį ir kiekį pagrindžiantys dokumentai. Be to, universitetas 192 tūkst. Lt vertės statybines medžiagas nurašė jų nepagrįsdamas apskaitos dokumentais, todėl auditoriai negalėjo nustatyti, ar medžiagos tikrai buvo panaudotos universiteto reikmėms. Auditoriai pabrėžė, kad medžiagas remontui už 52 tūkst. Lt universitetas įsigijo netaikydamas viešųjų pirkimų procedūrų.
Vilniaus Gedimino technikos universitete auditoriai nustatė, kad kai kurie autoriniai kūriniai įsigyti netaikant viešųjų pirkimų procedūrų. Be to, darbuotojams, kaip skatinimo priemonė už universiteto vardu sukurtus mokslo darbus, buvo mokami autoriniai atlyginimai, nors to teisės aktai ir nenumato.
VGTU, įsigydamas universiteto sporto salės rekonstrukcijos darbus, netinkamai taikė Viešųjų pirkimų įstatymą, nes pasirinkdamas atviro supaprastinto konkurso pirkimo būdą pirkimo dokumentuose neaiškiai apibūdino perkamus darbus, todėl konkurso dalyvių pasiūlymuose kai kurių darbų kainos skyrėsi iki 10 kartų. Auditoriai pastebi, kad esant tokioms aplinkybėms, konkurso laimėtojui galėjo būti sudarytos sąlygos statybų metu savo nuožiūra keisti darbus, medžiagas, kiekį ir jų kainas. Tai turėjo įtakos, kad projekto kaina išaugo nuo sutartyje įvardintų 3,5 mln. Lt iki 5,2 mln. Lt.
Auditoriai pastebi, kad VGTU ne pirmi metai buhalterinė apskaita tvarkoma netinkamai, todėl 2010 m. biudžeto vykdymo ataskaitose buvo pateikti neteisingi duomenys. Šios klaidos galėjo atsirasti dėl pradėtos diegti naujos informacinės sistemos ir buhalterinę apskaitą tvarkančio personalo kaitos.
Valstybės kontrolė audito ataskaitose rekomendavo imtis konkrečių priemonių, kad lėšos darbuotojų priedams ir priemokoms būtų naudojamos pagrįstai ir teisėtai, kad būtų laikomasi Viešųjų pirkimo įstatymo, kitų teisės aktų reikalavimų, kurių pažeidimai aptikti finansinio audito metu. Aukštosios mokyklos ėmėsi taisyti auditorių nustatytus pažeidimus ir įgyvendinti pateiktas rekomendacijas.
