Šie pakeitimai įgyvendina naujas ES Tarybos direktyvų nuostatas, kurias valstybės narės turi perkelti į savo teisinę sistemą nuo 2010 metų.
Šiuo metu taikoma tokia pagrindinė paslaugų teikimo vietos nustatymo taisyklė – paslaugos laikomos suteiktomis ir apmokestinamomis PVM toje valstybėje, kurioje įsikūręs paslaugos teikėjas. Tai taikoma tiek teikiant paslaugas apmokestinamiesiems asmenims, tiek teikiant paslaugas neapmokestinamiesiems asmenims. Parengtuose pakeitimuose siūloma apmokestinamiesiems asmenims nustatyti naują pagrindinę taisyklę – teikiamos paslaugos laikomos suteiktomis ir apmokestinamomis PVM valstybėje, kurioje įsikūręs pirkėjas.
Tuo atveju, kai paslaugas įsigyja neapmokestinamasis asmuo, nesantis PVM mokėtoju, paslaugos kaip iki šiol būtų laikomos suteiktomis toje valstybėje, kurioje įsikūręs paslaugų teikėjas. Atsižvelgiant į kai kurių paslaugų pobūdį, atskirais atvejais ir toliau būtų taikomos kitokios specifinės taisyklės.
Taikant minėtą naująją taisyklę, PVM už užsienio apmokestinamųjų asmenų Lietuvoje suteiktas paslaugas turėtų apskaičiuoti šias paslaugas įsigijęs Lietuvos pirkėjas. Kartu numatoma, kad ataskaitose apie sandorius, reikės teikti ir duomenis apie kitų ES valstybių PVM mokėtojams suteiktas paslaugas.
Be to, šiais pakeitimais ES mastu įgyvendinamas vieno langelio principas ir visų ES valstybių apmokestinamiesiems asmenims sudaroma galimybė prašymus skirtingoms valstybėms dėl pirkimo (importo) PVM grąžinimo teikti elektroninėje sistemoje per savo valstybės mokesčių administratorių. Pavyzdžiui, numatoma, kad Lietuvos ūkio subjektai, siekdami susigrąžinti pirkimo PVM, kurį sumokėjo įsigydami prekes ar paslaugas kitose ES valstybėse, galės kreiptis į Valstybinę mokesčių inspekciją. Šiuo metu norint susigrąžinti PVM reikia teikti rašytinius prašymus skirtingų ES valstybių mokesčių administratoriams pagal jų nustatytas procedūras.
Pagal šiuo metu galiojančias PVM įstatymo nuostatas tuo atveju, kai prekėms įforminus muitinio sandėliavimo procedūrą, jos Lietuvos muitinės sandėlyje parduodamos kitai įmonei jas importuojant, tokios prekės apmokestinamos taikant šioms prekėms nustatytą PVM tarifą ir kartu įmonė, įsigijusi tokias prekes, privalo mokėti dar ir importo PVM kaip šių prekių importuotoja. Tokiu būdu tos pačios prekės PVM apmokestinamos du kartus. Siekiant išvengti dvigubo apmokestinimo PVM, dabar siūloma nustatyti, kad prekėms, kurioms buvo įforminta muitinio sandėliavimo procedūra ir kurios, jas pardavus, yra importuojamos, būtų taikomas 0 procentų PVM tarifas.
Taip pat siūloma supaprastinti ir kitus apmokestinimo PVM aspektus bei atsisakyti kai kurių perteklinio reglamentavimo nuostatų.
Pagrindiniai PVM įstatymo pasikeitimai, juos priėmus Seimui, turėtų įsigalioti nuo 2010 m. sausio 1d.
