Naujovei įgyvendinti skiriamas pusės metų pereinamasis laikotarpis, truksiantis iki 2010 metų balandžio. Per tą laiką bus stebimi bei šalinami sistemos nesklandumai. Pagal dabar galiojančią tvarką pacientas pas gydytoją turi apsilankyti mažiausiai du kartus: pirmą, kai suserga, antrą, kai pasveikęs atvyksta fiksuoti laikinojo nedarbingumo pabaigos. Išdavus elektroninį pažymėjimą, antrasis apsilankymas bus nebūtinas, nebereikės gaišti papildomo laiko vykstant pas gydytoją bei į „Sodrą“. Be to, gydytojui aplankius pacientą namuose ir nustačius, kad asmuo yra laikinai nedarbingas, elektroninis nedarbingumo pažymėjimas galės būti išduotas kitą mediko darbo dieną. Jei pacientas prašys leisti grįžti į darbą, elektroninį pažymėjimą gydytojas galės baigti anksčiau.
Naujoji sistema taupys ir medikų laiką. Dauguma nedarbingumo pažymėjimo laukų užsipildys automatiškai, todėl jo parengimas bus kur kas greitesnis nei pildant popierinį blanką, gydytojas galės daugiau laiko skirti bendravimui su pacientu. Sistema pateiks visą informaciją apie paciento nedarbingumo istoriją per pastaruosius 12 mėnesių, nesvarbu, kuriame Lietuvos mieste buvo išduotas elektroninis nedarbingumo pažymėjimas. Sveikatos apsaugos ministerijos siūlymu „Sodra“ kompensuos gydytojų faktines saugaus elektroninio parašo įsigijimo išlaidas, neviršijančias 100 litų už vieną elektroninį parašą.
Naujo tipo pažymėjimas bus pildomas gydymo įstaigose, prisijungus prie Elektroninių nedarbingumo pažymėjimų bei elektroninių nėštumo ir gimdymo atostogų pažymėjimų tvarkymo sistemos (EPTS). Jis privalės būti pasirašytas elektroniniu gydytojo parašu. Pildant naujo tipo pažymėjimą reikės įvesti apdraustojo asmens kodą ar socialinio draudimo numerį, nedarbingumo priežastį, diagnozę bei nedarbingumo laikotarpį. Bandomuoju laikotarpiu prie EPTS gydymo įstaigos galės prisijungti savanoriškai, o nuo kitų metų balandžio 1 dienos tai bus privaloma visoms gydymo įstaigoms.
