1939 metų vasario 28 dieną Klaipėdoje gimęs J.Trinkūnas pastaraisiais metais turėjo problemų su širdimi. Gruodį vykusioje Žiemos saulėgrįžos šventėje jis dar dalyvavo, tačiau jau nebebuvo pagrindinis jos dalyvis.
J.Trinkūno palaikai bus kremuoti. Kol kas nėra tiksliai žinoma, kur artimieji, bičiuliai, visi norintys galės pagerbti urną su pelenais.
J.Trinkūnas vidurinę mokyklą baigė Kaune, 1965 m. Vilniaus universiteto Lietuvių kalbos ir literatūros fakultete baigė filologijos studijas, įgijo filologo specialybę. Nuo 1969 iki 1973 m. buvo VU Filologijos fakulteto filologijos katedros aspirantas ir dėstytojas. 1969 m. įkūrė kraštotyros sąjūdį „Ramuva“, pradėjo rengti senovės baltų apeigas. Vienas iš Vilniaus universiteto kraštotyrininkų ramuvos kūrėjų. 1974 m. už tautinę veiklą iš universiteto pašalintas.
Prasidėjus Atgimimui vėl grįžo į universitetą, dirbo Filosofijos ir sociologijos instituto Etikos skyriaus asistentu. 1990–1993 m. Kultūros ministerijos Etninės kultūros skyriaus vedėjas. Nuo 1994 m. Filosofijos ir sociologijos instituto Etikos ir etnosociologijos skyriaus mokslinis darbuotojas. Vilniaus pedagoginiame universitete dėstė etninę kultūrą.
2002 m. išrinktas „Romuvos“ vyriausiuoju kriviu.
