Futbolo klubas „Klaipėda“ įsikūrė 2009 metais. Jis buvo suformuotas perėmus FK „Glestum“ komandą, kuri savo veiklą pradėjo 2005 metais. Klubo valdymui pasitelkta moderni vakarietiška klubo struktūra, kurią sudaro dvi viešosios įstaigos ir uždaroji akcinė bendrovė. Pasak klubo vadovo Raimondo Beliausko, šiuo metu iš aktyviausių akcininkų yra sudaryta aštuonių žmonių valdyba, kuri ir kuruoja visą klubo veiklą.
Pagrindinės FC „Klaipėda“ komandos treneris yra profesionalus futbolininkas, keturis kartus Lietuvos čempionas ir du kartus Lietuvos taurės laimėtojas Saulius Mikalajūnas, jo asistentas - profesionalus futbolininkas Tomas Žiukas.
FC „Klaipėda“ komanda šiais metais laimėjo tradicinį tarptautinį draugišką turnyrą „Palangos Juzė“, o Lietuvos futbolo federacijos 2010 m. A lygos pirmenybėse debiutavo lygiosiomis su Vilniaus „Vėtra“ (1-1).
Komanda valdoma skaidriu vakarietišku principu, turi savo valdybą, vykdomi akcininkų susirinkimai, palaikomi atviri ryšiai su miesto visuomene, žiniasklaida ir klubo sirgaliais. Pagrindiniu savo tikslu FC „Klaipėda“ laiko futbolo, kaip prioritetinės sporto šakos, grąžinimą į miestą ir stadionus.
FC „Klaipėda“ inicijuoja socialinius, prevencinius renginius Klaipėdos miesto bendruomenei: vasario mėnesį įgyvendintas projektas „FC Klaipėda vaikams“ – vaikų salės turnyras kartu su Klaipėdos miesto vaikų globos namais, gegužės mėnesį planuojamas talentingiausių jaunųjų Klaipėdos apskrities futbolininkų atranka projektas – „Jaunieji Klaipėdos apskrities futbolo talentai 2010“.
Klubo strateginiai tikslai būti vienais iš Lietuvos futbolo lyderių ir suformuoti kokybišką sporto bazę jaunimui, suteikti galimybę siekti profesionalaus futbolininko karjeros.
