Ūkio ministro D.Kreivio vertinimu, iki šiol egzistavusi ministerijos struktūra ir veiklos organizavimas buvo nelankstūs, sunkiai pasidavė šiuolaikinės vadybos ir efektyvaus darbo organizavimo principams: „Esminės struktūrinės permainos gali padėti išspręsti vieną didžiausių valstybės valdymo aparato problemų – greitos reakcijos, spartaus darbo tempo ir ir efektyvumo stoką.“ Pasak jo, nauja ministerijos struktūra – tik pirmasis pertvarkos etapas. Antrajame permainos laukia ir įstaigų prie ministerijos.
Pertvarkius Ūkio ministerijos struktūrą ir dalį funkcijų perdavus Energetikos ministerijai, Ūkio ministerijos maksimalus etatų skaičius nuo spalio 1 d. sumažėjo iki 181 iš sausio 1 d. buvusių 264. Tai ministerijai padės sutaupyti beveik milijoną litų: planuojamas 2010 m. darbo užmokesčio fondas sumažės iki 8,6 mln. litų, palyginti su šiųmečiu 9,6 mln. litų. Iš esamo 181 etato šiuo metu užpildyta pusantro šimto. Daliai laisvų etatų ministerija skelbs viešuosius konkursus ir ieškos aukštos kvalifikacijos specialistų, turinčių projektų valdymo patirties bei išmanančių žinių ekonomiką, inovacijų ir finansų inžinerijos sritis.
Po pertvarkos ministerijoje sumažėjo struktūrinių padalinių skaičius: iš 10 departamentų liko 8. Panaikinus besidubliuojančias funkcijas bei siekiant efektyvumo, Ūkio strategijos bei ES reikalų ir vidaus rinkos koordinavimo departamentai sujungti į vieną Ūkio ir ES politikos departamentą, o Pramonės ir verslo bei Prekybos departamentai sujungti į Pramonės, paslaugų ir prekybos departamentą.
Remiantis tarptautinių konsultantų rekomendacijomis bei trylikos šalių, tarp jų – Suomijos, Danijos, Čekijos pavyzdžių analize, nauja struktūra atspindi svarbiausius ministerijos prioritetus: smulkiojo ir vidutinio verslo skatinimą bei investicijų, eksporto ir inovacijų plėtrą.
Įvertinus pasikeitusius ūkio strategijos prioritetus ir atsisakius energetikos sektoriaus kuravimo, pagal naują ministerijos struktūrą ypatingas dėmesys skiriamas inovacijoms ir verslui skatinti. Inovacijų plėtrai pertvarkytoje struktūroje suformuotas inovacijų ir žinių visuomenės departamentas, kuris sieks spartesnio inovacijų diegimo tiksliniuose Lietuvos ūkio sektoriuose.
Departamentai bus pavaldūs ministerijos kancleriui bei trims viceministrams. Ministerijos kancleris kuruos bendrąsias funkcijas, viceministrai bus atsakingi už Ūkio ir ES politikos bei verslo teisės, inovacijų ir ES paramos bei verslo skatinimo įgyvendinimą.
Ligšiolinė ministerijos organizacinė struktūra iš funkcinės pertvarkyta į projektinę funkcinę, sumažinant bendrąsias funkcijas atleikančių padalinių skaičių, optimizuojant jų veiklos valdymą bei įvedant projektinį valdymą. Pagal jį darbuotojų veiklos vertinimas ir atlygis tiesiogiai priklausys nuo darbo projektuose rezultatų. Šiems procesams valdyti įkurtas ir naujas tiesiogiai ministrui pavaldus Projektų valdymo skyrius (biuras).
Ūkio ministerijos pertvarka numatyta penkioliktosios Vyriausybės programoje.
