Ikiteisminis tyrimas buvo pradėtas 2006-12-22, po to, kai Telšių apskrities valstybinės mokesčių inspekcijos pareigūnai, atlikę UAB „Samanėlė“ patikrinimą, rado galimai neoficialų 2006 metų atlyginimų mokėjimo žiniaraštį. Nuo 2009 metų rugsėjo mėnesio šiam ikiteisminiam tyrimui vadovavo Šiaulių apygardos prokuratūros prokuroras.
Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos prie LR VRM Šiaulių apskrities pareigūnų atlikto ikiteisminio tyrimo metu nustatyta, kad 2006 metais UAB „Samanėlė“ direktorius A.Šilinas, veikdamas bendrovės naudai ir interesais, kartu su direktore ekonomikai S.Jokšienė, kuri realiai vykdė bendrovės vyriausios buhalterės pareigas, apgaulingai tvarkė UAB „Samanėlė“ buhalterinę apskaitą, neįforminant dokumentais ir neįtraukiant į bendrovės apskaitą 79 darbuotojams papildomai išmokėto, tačiau oficialiuose žiniaraščiuose neužfiksuoto darbo užmokesčio, bei 8 asmenims, su kuriais nebuvo sudarytos darbo sutartys, išmokėto darbo užmokesčio.
Pasak tyrimui vadovavusio prokuroro buvo nustatyta, kad „Samanėlė“ neįformino apskaitos dokumentais ir neįtraukė į bendrovės apskaitą 2006 metais bendrovės darbuotojams ir neįdarbintiems asmenims išmokėto darbo užmokesčio, kurio suma siekia virš 341 tūkstantį litų, o įskaitant priskaičiuotinus mokesčius – apie 508 tūkstančius litų.
Taip pat ikiteisminio tyrimo metu nustatyta, kad UAB „Samanėlė“ VSDFV Telšių skyriui ir Telšių apskrities VMI pateikė neteisingus duomenis apie UAB „Samanėlė“ pajamas, turtą, jų panaudojimą bei taip buvo išvengta sumokėti į valstybės ir valstybinio socialinio draudimo biudžetus apie 152 tūkstančius litų gyventojų pajamų mokesčio, 168 tūkstančių litų valstybinio socialinio draudimo ir socialinio draudimo įmokų, virš 1000 Lt įmokų į garantinį fondą, tai yra virš 320 tūkstančių litų mokesčių ir įmokų.
Šioje byloje VSDFV Telšių skyriaus ir Telšių apskrities VMI pareikštų civilinių ieškinių užtikrinimui buvo laikinai apribotos nuosavybės teisė į UAB „Samanėlė“ priklausantį turtą.
