Muziejaus rekonstrukcijos ir priestato statybos projektas patvirtintas 2006 metais. Kaip skelbia muziejus, projektui jau išleista 7,8 mln. eurų, dar trūksta beveik 4 mln. eurų.
2007–2009 metais muziejaus kieme pastatytas modernus 898 kvadratinių metrų bibliotekos pastatas. Joje įrengtos muziejaus bibliotekos, archyvų saugyklos, skaitmeninimo centras, sukurta skaitykla, parodų salė. Priestatui pastatyti prireikė 1,7 mln. eurų. Senasis pastatas taip pat padidės beveik 500 kvadratinių metrų, nes bus įrengti įstiklinti kiemeliai, pastogė, pranešė muziejus.
Taip pat baigtas pagrindinio pastato – senojo Vytauto Didžiojo kultūros muziejaus – vidaus ir fasadų restauravimas. Pastato viduje pakeistos visos susidėvėjusios inžinerinės komunikacijos, restauruoti visi vertingi interjero elementai: parketinės ir mozaikinio betono grindys, sienos ir lubos bei laiptai.
Atnaujinti visi langai ir restauruotos durys, išsaugant autentišką furnitūrą. Įrengtos erdvesnės eksponatų saugyklos, restauruotos visos ekspozicijų salės. Restauruoti pastato fasadai su šviesiai pilko granitinio tinko apdaila. Vidaus patalpose restauruoti visi autentiški rūbinės ir auditorijos baldai, dalis saugyklų spintų.
95 metų jubiliejų šiemet švenčiantis muziejus skelbia akciją „18 dienų autentikos“, jos metu bus galima susipažinti su pastato interjeru, įrengtu „taupiojo modernizmo“ stiliumi. Lankytojai muziejų galės apžiūrėti tiek patys, tiek su gidu.
Kaip nurodo Architektūros ir urbanistikos tyrimų centras, M.K.Čiurlionio muziejaus statyba buvo vienas reikšmingiausių tarpukario architektūrinių reiškinių. Jį projektavo garsūs to meto architektai – Vladimiras Dubeneckis, Karolis Reisonas ir Kazimieras Kriščiukaitis. Jo statyba finansuota gausiomis tiek vietos, tiek užsienio lietuvių aukomis.
Šiame muziejuje eksponuojami vieno garsiausių lietuvių dailininkų M.K.Čiurlionio tapybos ir grafikos darbai.
