Geležinkelio linija bus tiesiama vietovėje, kur yra privatiems asmenims priklausančių sklypų, tad patvirtinus specialųjį planą pradedamos žemės paėmimo visuomenės poreikiams procedūros.
2016 metais specialusis planas buvo suderintas tiek su atsakingomis institucijomis, tiek su šalies visuomene.
Įsigaliojus vyriausybės nutarimui dėl specialiojo plano patvirtinimo ir žemės visuomenės poreikiams paėmimo, ministerija per 5 darbo dienas apie tai praneš žemės sklypų savininkams ir (ar) kitiems naudotojams. Registruotais laiškais planuojama išsiųsti daugiau nei 2,1 tūkst. pranešimų. Informacija apie žemės paėmimą bus paskelbta ir šalies žiniasklaidoje.
Visuomenės poreikiams reikės paimti apie 1200 privačios ir 63 valstybinės žemės sklypų, kurių tiksli kaina paaiškės po to, kai bus įvertintas visuomenės poreikiams paimamas turtas. Turto vertinimo paslaugoms atlikti numatoma organizuoti viešuosius pirkimus.
Žemės paėmimo visuomenės poreikiams procedūras planuojama baigti 2019 m. antroje pusėje.
Geležinkelio linijos Kaunas–Lietuvos/Latvijos siena specialiojo plano rengėja – Didžiosios Britanijos bendrovė „Aecom Infrastructure & Environment UK“.
Lietuva jau yra įgyvendinusi pirmąjį „Rail Baltica“ projekto etapą – nutiesusi geležinkelio atkarpą nuo Lenkijos valstybės sienos iki Kauno.
