Bene svarbiausias pokytis Nacionalinėje krepšinio lygoje – komandų skaičius. NKL Vykdomojo komiteto sprendimu 2012-2013 metų sezone rungtyniaus 18 komandų. Keturios jų – naujokės. Prie lygos prisijungė Plungės „Olimpas“, Alytaus „Dzūkija“, Šakių „Zanavykas“ ir Birštono „Jazz – Diremta“.
Sportiniu principu į NKL patekęs RKL čempionas Plungės „Olimpas“ užims iš lygos iškritusio Šiaulių „ABRO – Universiteto“ vietą.
Po susispendavimo grįžusi Kauno „Erelita“ keliasi į Alytaus areną ir žais Alytaus „Dzūkijos“ pavadinimu.
Praėjusių metų NKL čempionų Kauno „LKKA – Atleto“ komanda keliasi į Birštoną ir vadinsis Birštono „Jazz – Diremta“.
Šakių „Zanavykas“ į NKL pateko komerciniu keliu.
2012-2013 metų NKL sezone rungtyniaus šios komandos:
- Birštono „Jazz – Diremta“
- Vilniaus „Statyba“
- Kauno „Žalgiris – Sabonio krepšinio centras“
- Klaipėdos „Nafta – Universitetas“
- Vilniaus „Š. Marčiulionio K.A. – Twomenas“
- Marijampolės „Sūduva – Mantinga“
- Jonavos „Triobet“
- Radviliškio „Radviliškis – Juodeliai“
- Joniškio „Delikatesas“
- Mažeikių „Mažeikiai“
- Molėtų „Ežerūnas – Karys“
- Pakruojo „Meresta“
- Vilniaus „Perlas – MRU“
- Šilutės „Šilutė“
- Gargždų „Gargždai – Bremena“
- Alytaus „Dzūkija“
- Plungės „Olimpas“
- Šakių „Zanavykas“
