Taip „Žalgiris“ pradėjo tik 2001–2002 ir 2008–2009 m. sezonus. Abu kartus po tokio starto kauniečiai į antrą etapą neprasibrovė ir iš turnyro pasitraukė jau po grupės varžybų.
2000–2001 m. sezonas „Žalgiriui“ buvo pirmasis, kai komandą paliko treneris Jonas Kazlauskas. Prie ekipos vairo visą sezoną tuomet stovėjo Algirdas Brazys. „Žalgiris“ tais metais sugebėjo įveikti tik Atėnų „Peristeri“ ir Londono „Towers“ komandas.
2008–2009 m. sezonas sutapo su vienu sudėtingiausių laikotarpių „Žalgirio“ istorijoje. Klubas buvo atsidūręs ant bankroto ribos. Gintaro Krapiko treniruojamas „Žalgiris“ tuomet pralaimėjo net septynis kartus iš eilės, o pergales šventė tik prieš Nansi SLUC ir „Asseco Prokom“ ekipas. Po šio sezono į klubą atėjo Vladimiras Romanovas.
Prieš 2011–2012 m. sezoną „Žalgirio“ perspektyvos buvo piešiamos itin šviesiai. Galinga sudėtis leido prognozuoti netgi kovą dėl vietos finalo ketverte. Tačiau „Žalgiris“ sezoną pradėjo pralaimėdamas triskart iš eilės. Kauniečius įveikė CSKA, „Unicaja“ ir „Panathinaikos“ klubai.
