Europos Komisijai didžiausią rūpestį kelia su registravimo šalimi susijusi netiesioginė diskriminacija. Ji kyla dėl kelių dalykų. Pirma, tik Vokietijos naudotojai nemokės kelių mokesčio, nes jis visas bus išskaičiuojamas iš transporto priemonėms taikomo mokesčio. Antra, trumpalaikių vinječių, kurias paprastai įsigyja užsieniečiai, kaina yra neproporcingai didelė.
Nuo pat 2013 m., kai Vokietija paskelbė apie tokią priemonę, Europos Komisija vykdė intensyvias atviras diskusijas su Vokietijos valdžios institucijomis dėl priemonės neatitikties ES teisei. Remdamasi išsamia teisine analize, Europos Komisija ne kartą išreiškė susirūpinimą tiek ekspertų, tiek politiniu lygmeniu. Po galutinės teisės akto versijos paskelbimo Europos Komisija apgailestaudama pastebi, kad pagrindiniai susirūpinimą kėlę diskriminaciniai aspektai liko nepašalinti.
Europos Komisijos nuomone, naujoji automobiliams taikoma kelių mokesčių sistema sukelia didesnę naštai kitų ES valstybių narių piliečiams nei vokiečiams. Kitose ES valstybėse (pvz., Austrijoje, Slovėnijoje) taikomos apmokestinimo sistemos tokių diskriminacinių aspektų neturi – tai pasiekta dėl EK veiksmų prieš įvedant kelių mokesčius automobiliams.
