M.Vaicekauskas dirba Lietuvių literatūros ir tautosakos instituto Tekstologijos skyriuje ir „Naujojo Židinio–Aidų“ redakcijoje. Pagrindinės mokslinių tyrimų sritys – Motiejaus Valančiaus rankraščių istorija ir tekstologinės problemos, K.Donelaičio literatūrinio palikimo tekstologiniai tyrimai ir publikavimas.
Pastaraisiais metais M.Vaicekauskas parengė ir išleido knygas ,,Visagalė tradicija/Kristijono Donelaičio poemos „Metai“ iliustracijos ir vaizdinis kanonas“ (kartu su Giedre Jankevičiūte), „Kristijono Donelaičio rankraščiai. Fotografuotinis leidimas“, „Kristijonas Donelaitis. Raštai. I t.“.
M.Vaicekauskas rašo straipsnius, knygas, rengia šaltinių publikacijas, leidžia žurnalus „Knygų aidai“, „Naujasis Židinys-Aidai“, „Lietuvių katalikų mokslo akademijos metraštis“.
1710 eurų (45 bazinių socialinių išmokų) dydžio Martyno Mažvydo premija bus įteikiama gruodžio 16 dieną Kultūros ministerijoje su kitomis ministerijos premijomis.
