Vilniaus universiteto (VU) teigimu, restauratoriai Indrė ir Aidonas Valkiūnai su komanda per du mėnesius ištyrė 17 bažnyčios skliautų ir nustatė, kad po XIX amžiaus uždažymais išliko vientisa tapybos programa, leidžianti naujai pažvelgti į Vilniaus baroko mastą, meninę kokybę.
Pastebima, jog vienas didžiausių XVIII amžiaus sienų tapybos ansamblių Lietuvoje buvo uždažytas daugiau nei 200 metų. Šiemet ši tapybos programa pirmą kartą ištirta sistemiškai.
Anot VU, didžiausia staigmena tapo ne pats atradimas, o jo autentiškumas, nes per šimtmečius uždažant skliautus, figūrinės kompozicijos nebuvo reikšmingai pertapytos. Tai sudaro galimybę tapybą tyrinėti tiesiogiai, ne per vėlesnių restauracijų interpretacijas.
Gotikinės struktūros, barokinių formų Šv. Jonų bažnyčią 1386 metais pradėjo statyti Jogaila, darbai baigti 1426 metais. Pagrindinis bažnyčios fasadas yra vėlyvojo baroko, dinamiškai banguojantis.
XVI amžiaus pabaigoje pastatyta 68 metrų aukščio varpinė. Bažnyčia ne kartą restauruota užtepant ir atidengiant freskas, keičiant išplanavimą.