Mažas, atokus, turtuolių mėgstamas Prancūzijos kurortas XX a. pradžioje patiria tragediją – ima dingti žmonės. Bet ne vietiniai gyventojai, o tik atostogaujantys turtuoliai. Du komiški detektyvai (vienas – vos paeinantis apkūnus vadas ir jo padėjėjas – smulkutis vyrukas), imasi aiškintis šių dingimų priežastis, tačiau beviltiškai.
Filme sekamos dvi siužetinės linijos. Van Petenhemai – turtuolių šeima, atvykusi į savo vasarnamį, tingiai leidžia laiką mažame kurorte. Šeimą sudaro dramatiška ir jautri motina, dvi dukros, jų tėvas ir dukterėčia Billie van Peteghem (Raph). Vieną kartą, važiuodami aplink paplūdimį, jie sutinka vargšų šeimą – Brufortus – moliuskų rinkėjus, o Brufortų tėvas ir vyriausias sūnus Malutas (Brandon Lavieville) papildomai užsidirba perkeldami keleivius per užtvinkusią pervalką.
Režisierius veiksmo „nevynioja į vatą“ ir, švelniai erzindamas, dar filmo pradžioje parodo, kur dingsta poilsiautojai. Čia režisierius tarsi perša mintį, kad turtuolių dingimai nėra pagrindinė filmo idėja. Brutaliais ir gana ironiškais vaizdiniais iš karto paaiškinama, kad varguoliai Brufotai užmuša perkeliamus turtuolius ir jais maitinasi: šeimos berniukai ramiai kramsnoja lavonų vidinius organus, o mama mojuoja ką tik nukirstomis kojomis. Irzulį paaštrina beviltiški detektyvai, kurie apatiškai tirdami dingimų bylas nepastebi jiems prieš nosį esančių įrodymų. Galų gale žiūrovą pasitinka dar vienas netikėtas filmo posūkis: pasirodo, kad Van Peteghem dukterėčia Billie iš tikrųjų yra sūnėnas, persirengiantis mergaite. Jis susižavi Malutu, kuris neturi jokios nuovokos, kad po peruku ir mergaitiškais bruožais, slepiasi berniukas. Jo mama Audie van Peteghem (Juliette Binoche) – perdėtai dramatiška ir dėmesio reikalaujanti moteris, atrodo, pati į tai per daug dėmesio nekreipia. Bent jau iki tol, kol išsiaiškinama baisi paslaptis apie jos sūnų ir jo atsiradimo aplinkybes. Nors atrodo, kad režisierius pačias svarbiausias paslaptis atskleidžia pačioje filmo pradžioje, iš tiesų, jis tik paruošia žiūrovą dramai, susipinančiai tarp varguolių ir turtuolių, jų tamsių paslapčių ir po gražiais drabužiais bei maniera paslėpto skausmo.
Maluto ir Billie meilė nulemia pabėgimą. Jie laivu nuplaukia tolyn nuo kurorto, bet prasidėjusi audra juos parveda atgal. Deja, abu net neįsivaizduoja, kokias didžiules paslaptis slepia vienas nuo kito.
Filme daug absurdo elementų, o gana paprastai prasidėjęs filmo siužetas darosi vis keistesnis kol filmo kulminacijoje jis išsirutulioja į beveik siurrealistinius vaizdinius. Pavyzdžiui, veikėjų skraidymai ore tampa visiška norma.
Puiki kinematografija leidžia pasijausti esant vaizduojamo gyvenimo dalimi. Atrodo, kad sėdint kino salėje, kvėpuojama sūriu Prancūzijos pajūrio oru.
Oficialiai filmas priskiriamas komedijos žanrui. Bet ar tikrai Bruno Dumont juostą reikėtų vadinti komedija? Gal tik iš pirmo žvilgsnio: filme daug scenų, sukeliančių juoką, bet svarbiausia šioje kino juostoje yra tai, kas lieka už jų. „Seklūs vandenys“ – socialiai iškalbus filmas, drąsiai pavaizduojantis veikėją Billie, kuris jaučiasi visai ne toks, koks turėtų būti pagal jam pateiktą socialinę konstrukciją. Galbūt transseksualumo nėra pati pagrindinė filmo mintis, tačiau ji – iškalbi.
