Muziejininkė, istorikė O.Žalienė įstaigai vadovauja nuo 2002-ųjų.
Muziejus įkurtas 1979-aisiais šiauriausiame Kuršių nerijos taške – Kopgalyje, atstačius XIX amžiaus gynybinę pajūrio tvirtovę – Nerijos fortą.
Muziejus kaupia, tiria, konservuoja, restauruoja ir eksponuoja su Lietuvos laivyba, jūros gamtos įvairovę susijusias vertybes.
Muziejaus vadovo kadencija – penkeri metai. Vadovauti tas pats asmuo muziejui negali ilgiau nei dvi kadencijas iš eilės.
