Būdamas 32 metų amerikietis buvo priverstas trauktis, nes jam buvo diagnozuotas ŽIV (žmogaus imunodeficito virusas). Po metų įžaidėjas bandė dar sugrįžti į NBA, tačiau susidūrė su problemomis – kiti žaidėjai bijojo kontakto su krepšininku, mat liga užkrečiama.
Nepaisant to, M.Johnsonas 1992 metais žaidė Jungtinių Amerikos Valstijų (JAV) „Svajonių komandoje“, kuri Barselonos olimpiadoje iškovojo aukso medalius.
Antrą kartą M.Johnsonas į NBA sugrįžo 1996 metais. Jis sužaidė 32 mačus, rinkdavo 14,6 taško, atkovodavo 5,7 atšokusio kamuolio ir atlikdavo 6,9 rezultatyvaus perdavimo. Po šio sezono jis pakabino sportbačius ant vinies.
Per savo karjerą atakų organizatorius penkiskart tapo NBA čempionu, triskart – naudingiausiu žaidėju, dvylika kartų žaidė „Visų žvaigždžių“ rungtynėse.
