Iš Šiaulių krašto kilęs S.Vaitekūnas savo gyvenimą susiejo su Klaipėda.
1960–1965 m. studijavo Vilniaus pedagoginiame institute. Po studijų 1965–1968 m. dirbo Lietuvos mokslų akademijos Geografijos skyriaus jaunesniuoju mokslo darbuotoju, netrukus apgynė geografijos mokslų kandidato (dabar daktaro) disertaciją. 1968 m. pradėjo dirbti Vilniaus universiteto Ekonominės istorijos ir geografijos katedroje vyr. dėstytoju, docentu, 1986–1993 m. – Ekonominės ir politinės geografijos katedros vedėju. 1987 m. S. Vaitekūnas apgynė daktaro disertaciją (dabar habilituoto daktaro). Tais pačiais metais Vilniaus universitete jam suteiktas profesoriaus pedagoginis vardas.
1993-iaisiais S.Vaitekūnas tapo Klaipėdos universiteto rektoriumi ir vadovavo jam iki 2002-ųjų.
2007-aisiais S.Vaitekūnui suteiktas ordinas „Už nuopelnus Lietuvai“ Riterio kryžius, 2015-aisiais Gabrielės Petkevičaitės-Bitės atminimo medalis už parlamentarizmo tradicijų puoselėjimą ir skleidimą.
Atsisveikinti su S.Vaitekūnu bus galima šv. Juozapo Darbininko bažnyčios koplyčioje gruodžio 9-10 d. Laidotuvės – gruodžio 11 d. 11 val. Skaisgirio kapinėse, Joniškio rajone.
