Prieš pustrečių metų reorganizavus Švietimo plėtotės centrą, Mokytojų kompetencijos centrą ir Pedagogų profesinės raidos centrą, buvo įsteigtas Ugdymo plėtotės centras. Iš buvusių 185 darbuotojų trijose pavaldžiose įstaigose etatų skaičius sumažintas iki 103.
2010 metais pertvarkius ministerijos struktūrą buvo sustambinti jos padaliniai, atsisakyta daugelio skyrių – sumažėjo apie dvi dešimtis vadovaujančių darbuotojų.
Tačiau tais pačiais metais panaikinus apskričių administracijas, Švietimo ir mokslo ministerijai buvo perduoti už švietimo įstaigų veiklą atsakingi padaliniai. Naujoms funkcijoms vykdyti nuo metų vidurio ministerijoje buvo įsteigtas Švietimo kokybės ir regioninės politikos departamentas bei Regioninių mokyklų skyrius, kuriuose – 34 etatai vietoje iki tol apskrityse buvusių 89.
