Atlikę pasirengimo pirmininkauti ES auditą, valstybiniai auditoriai nustatė, kad dar išlieka rizikų, susijusių su pirmininkavimo renginiams reikalingų patalpų infrastruktūra, kasdieniais tiesioginiais skrydžiais į (iš) Briuselį, Tarptautinio Vilniaus oro uosto salių, skirtų labai svarbiems asmenims, įrengimu.
Siekiant valdyti pastarąją riziką, numatyta, kad Tarptautinio Vilniaus oro uosto laikinai labai svarbių asmenų salei įrengti bus naudojamos laikinos konstrukcijos. Sprendžiant kasdienių skrydžių Vilnius-Briuselis-Vilnius klausimą, numatyta apsvarstyti Susisiekimo ministerijos parengtus pasiūlymus Vyriausybės ES komisijos posėdyje ir nuolat informuoti komisiją apie derybų su oro linijų bendrovėmis rezultatus. Sutartis dėl objektų suteikimo pirmininkavimo ES Tarybai reikmėms planuojama pasirašyti iki 2013 metų vasario mėnesio, teigiama Valstybės kontrolės pranešime.
Pirmininkavimui ES Taryboje rengiasi daug valstybės institucijų. Koordinavimo funkcija priskirta Užsienio reikalų ministerijai (URM). Jau parengtas tarpinstitucinis veiklos planas, tačiau valstybiniai auditoriai nustatė, kad į jį įtrauktos ne visos su pirmininkavimu susijusios priemonės ir joms įgyvendinti reikalingos lėšos. Tai, anot jų, didina veiklų dubliavimosi ir neracionalaus valstybės biudžeto lėšų naudojimo riziką.
Vėluojant įgyvendinti trijų Europos Socialinio fondo ir valstybės biudžeto lėšomis finansuojamų projektų veiklas, didėja rizika, kad projektai gali būti nebaigti laiku, o kai kurie rezultatai tapti neaktualūs ar nepritaikomi.
Lietuvos pirmininkavimo ES Tarybai 2013 metų tarpinstituciniam veiklos planui įgyvendinti iš valstybės biudžeto 2012–2014 metais numatyta skirti 214 mln. litų.
