2009 metų lapkričio 26 d. FIFA Drausmės komitetas priėmė nutarimą, jog Klaipėdos „Atlantas“ negali žaisti LFF aukščiausiojoje lygoje, nes po daugkartinių raginimų atsiskaityti su buvusiu žaidėju Jalenu Pokornu to nėra padaręs.
LFF, siekdama, jog „Atlantas“ galėtų dalyvauti A lygos čempionate, kreipėsi į FIFA su prašymu peržiūrėti šį sprendimą. Tačiau į pakartotinius LFF prašymus nebuvo atsižvelgta. Kovo 10 d. FIFA atsiųstame oficialiame rašte teigiama, jog FIFA Drausmės komiteto sprendimas yra galutinis ir nekeičiamas.
2010 m. kovo 12 d. LFF Vykdomasis komitetas nusprendė priimti „Atlantą“ į A lygą, tačiau pagal FIFA nuosprendį turėjo tuo pačiu pašalinti klubą į žemesnę lygą. Be minėto LFF VK sprendimo „Atlantas“ būtų pašalintas į II lygą.
LFF taip pat primena, jog prieš 2009 metų sezoną „Atlantas“ turėjo vietą A lygoje, tačiau pats atsisakė dalyvauti čempionate. Šiemet didinant A lygos komandų skaičių pagal objektyvius sporto kriterijus pirmenybę turėjo I lygos komandos, o tik toliau rikiavosi II lygoje rungtyniavę klubai.
Atsižvelgiant į praėjusio sezono pirmenybėse užimtas vietas, teisė žaisti A lygoje šiemet buvo suteikta 11 komandų, o I lygoje – 9 klubams bei Lietuvos U–19 rinktinei.
