Mokestis nebus taikomas tiems automobiliams, kurių dokumentuose yra įrašytas „SH“ arba „SV“ specialusis paskirties kodas. Pastarasis žymėjimas reiškia, kad transporto priemonė turi rankinį valdymą, leidžiantį automobilį vairuoti žmonėms su negalia. Tuo metu „SH“ kodas nurodo, kad tai yra lengvasis automobilis, kuris specialiai pritaikytas vienam ar keliems asmenims su neįgaliųjų vežimėliais.
Šie kodai gali būti įrašyti automobilio kilmės ar patvirtinimo dokumentuose. Pavyzdžiui: registracijos liudijime, techninės ekspertizės ar įrangos sumontavimo pažymoje bei kt.
Yra ir daugiau išimčių, kuomet nereikia mokėti automobilių registracijos mokesčio.
Jis nėra taikomas ir laikinai registruojamoms (iki mėnesio) iš Lietuvos išvežamoms transporto priemonėms. Taip pat istoriniams automobiliams, kuriems yra išduoti istoriniai numerio ženklai.
Mokesčio nereikia mokėti ir už tuos registruojamus automobilius, kurių valdytojai nesikeičia. Pavyzdžiui: keičiant asmens pavardę, užsisakant registracijos liudijimo dublikatą vietoj prarasto ar sugadinto ir pan.
Registruojant visiškai naują automobilį sumokėti mokestį reikia, bet jį galima susigrąžinti, jei automobilis išregistruojamas ir išgabenamas iš Lietuvos teritorijos per 90 dienų nuo pirmosios įregistravimo datos.
Daugiau informacijos apie automobilių registracijos mokestį galima rasti „Regitros“ interneto svetainėje.
