Dauguma tarnybos funkcijų bus perduotos kariuomenėje kuriamai Kibernetinės gynybos valdybai, taip pat Nacionaliniam kibernetinio saugumo centrui (NKSC) ir Kertiniam valstybės telekomunikacijų centrui.
Naujai kuriama Kibernetinės gynybos valdyba diegs strateginio ir operacinio lygmenų ryšių ir informacines sistemas, užtikrintų jų sąveiką su NATO, krašto apsaugos sistemos ir kitų institucijų bei organizacijų ryšių ir informacinėmis sistemomis.
Jai taip pat bus pavesta vykdyti kibernetines operacijas ir krašto apsaugos sistemos stacionariųjų, perdislokuojamųjų ir mobiliųjų ryšių ir informacinių sistemų bei tinklų valdymą ir kibernetinę gynybą.
NKSC ir toliau vykdys savo funkcijas.
Informacinių technologijų tarnyba šiuo metu įgyvendina krašto apsaugos sistemų ryšių ir informacinių sistemų politiką, nacionalinio saugumo ir gynybos interesams naudojamų ryšių sistemų plėtojimo ir saugumo politiką. Ji taip pat atsakinga ir už valstybės įslaptintos informacijos apsaugos politiką įslaptintos informacijos ryšių ir informacinių sistemų srityje.
Įkūrus Lietuvos kariuomenės Kibernetinės gynybos valdybą, ją sudarys Valdybos štabas, Lietuvos didžiojo etmono Kristupo Radvilos Perkūno ryšių ir informacinių sistemų batalionas bei restruktūrizuota Informacinių technologijų tarnyba, tačiau tik su kariuomenei būdingomis funkcijomis.
