Iki šiol FNTT direktorių skirdavo vidaus reikalų ministras, o pataisomis šios tarnybos vadovo tvarka suvienodinta su kitų statutinių įstaigų – jį skirs Vyriausybė vidaus reikalų ministro teikimu.
Nuo liepos įsigaliojančios pataisos numato, kad tarnybos direktorius į pareigas skiriamas ir iš jų atleidžiamas Vidaus tarnybos statuto nustatyta tvarka. Statute numatyta, kad vidaus reikalų centrinių įstaigų vadovus penkeriems metams į pareigas skiria ir iš jų atleidžia Vyriausybė vidaus reikalų ministro teikimu.
Dabar galiojantis Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos įstatymas numato, kad jos vadovą penkeriems metams skiria ir iš jų atleidžia vidaus reikalų ministras.
Pasak pataisas inicijavusios Vidaus reikalų ministerijos, dabartinė tvarka nepagrįstai numato atskirą FNTT vadovo skyrimo procedūrą, ir ją būtina suvienodinti pagal bendrą tvarką siekiant užtikrinti teisinio reguliavimo sistemiškumą.
Tiek vidaus reikalų ministras Eimutis Misiūnas, tiek premjeras Saulius Skvernelis yra kalbėję, kad FNTT turėtų būti pertvarkyta. Tarp svarstomų pertvarkos variantų – sujungimas su Muitinės kriminaline tarnyba.
