Metropolitas Ilarionas Sausio 13-osios įvykių metu SSRS karius ragino nenaudoti jėgos prieš taikius piliečius.
„Jūsų Šventenybe, kreipdamasis į rusų karius ir kariuomenės vadus su raginimu nenaudoti jėgos prieš Lietuvos piliečius, nepralieti nekalto kraujo, Jūs nuveikėte šventą darbą. Mes tikime, kad šis raginimas buvo išgirstas, kad Jūsų žodžiai tapo dvasiniu skydu, apsaugojusiu vieną pusę nuo nuodėmės, kitą pusę nuo žūties. Nuoširdžiai dėkojame už Lietuvos nepriklausomybės siekio ir taikos palaikymą, už tikrą dvasinę tarnystę Kauno mieste. Kaip mūsų miesto padėkos ženklą norime Jums įteikti Kauno miesto burmistro Jono Vileišio pasidabruotą medalį“, – Kauno miesto savivaldybės išplatintame pranešime cituojamas Kauno miesto meras Andrius Kupčinskas.
Nuo 1987 iki 1991 metų metropolitas Ilarionas dirbo Lietuvoje, Kaune. Dvasininkas prieš Lietuvai lemtingus Sausio 13-osios įvykius paragino SSRS kariškius nenaudoti jėgos prieš taikius gyventojus.
Kai prasidėjo Sausio 13-osios įvykiai, vyskupas Ilarionas viešai kreipėsi į rusų karius, įspėdamas nepralieti kraujo. Tuo metu stačiatikių dvasininkams jau buvo leidžiama lankytis kariuomenėje, jis gerai pažinojo visus kariuomenės vadus. „Todėl jis kreipėsi į karius ne kaip eilinis rusų dvasininkas, bet kaip tas, kuris turėjo artimą santykį. Vilniuje tokį pareiškimą padarė metropolitas Chrizostomas, o Kaune – Ilarionas”, – prisimena Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius.
1992 metais metropolitas Ilarionas buvo apdovanotas Sausio 13-osios atminimo medaliu.
