Pratybos vyks pagal specialiai pratyboms sukurtą scenarijų, bus tikrinamas Karinių jūrų pajėgų štabo gebėjimas planuoti ir vykdyti operacijas. Pratybų metu bus treniruojamas ir KJP padalinių pasirengimas užduotims vykdyti. Taip pat bus vertinamas KJP funkcionalumas ir gebėjimą veikti kaip vientisas junginys.
Pratybų metu Klaipėdos gatvėmis ir Klaipėdos rajone esančio brigados generolo Povilo Plechavičiaus (Kairių) poligono prieigose judės ratinės karinės technikos (sunkvežimiai, visureigiai ir lengvieji automobiliai) kolonos, bus sustiprinta karinių teritorijų apsauga, o jų prieigose veiks kariai. Aktyvūs ginkluotų karių veiksmai viešose vietose neplanuojami.
Be to, karinių pratybų „Kormoranas 2016“ pratybų jūrinės fazės veiksmuose Karinių jūrų pajėgų laivai ir kateriai dalyvaus Klaipėdos uosto akvatorijoje ir Baltijos jūroje Lietuvos Respublikos teritoriniuose vandenyse ir išskirtinėje ekonominėje zonoje.
Karinės pratybos „Kormoranas“ yra rengiamos kasmet. Šiais metais organizuojamų pratybų aktyvioje dalyje kaip stebėtojai dalyvaus ir 2 Ukrainos kariuomenės karininkai. Planuojama, pratybų stebėti atvyks ir Lietuvos kariuomenės vadas.
