Sausio pabaigoje R.Masiulis paprašė teisėsaugos įvertinti „Lietuvos geležinkelių“ veiklą nacionalinio saugumo bei kitais aspektais. Valstybės saugumo departamento (VSD) tuomet paprašyta įvertinti įmonės ir prieštaringos reputacijos Rusijos bei kitų šalių įmonių ryšius, Finansinių nusikaltimų tyrimo tarnybos (FNTT) ir Specialiųjų tyrimų tarnybos (STT) – ištirti „Lietuvos geležinkelių“ ir jų antrinių įmonių atsiskaitymus per ofšorines kompanijas, neskaidrų paramos skirstymą. Be to, Viešųjų pirkimų tarnybos (VPT) paprašyta ištirti, ar vidaus sandoriais nebuvo slepiami korupciniai susitarimai.
Žiniasklaida rašė apie neskaidriai skirstomą „Lietuvos geležinkelių“ paramą, vidaus sandorius ir partnerystę su Rusijos koncernu „Transmashholding“, iš kurio antrinės įmonės 2012-2013 metais geležinkeliai be konkurso pirko lokomotyvų važiuoklės rėmų už 44,92 mln. eurų. Vienas šio koncerno akcininkų yra Rusijos karinės pramonės koncerno „Kalašnikov“ akcininkas.
„Lietuvos geležinkeliai“ Šeštokų stotyje įrengti ožinį kraną samdė Rusijos įmonę „Baltkran“, kuri dirbo tuo metu, kai NATO sąjungininkų pajėgos stotyje krovė karinę techniką bei ginkluotę, rengiantis didžiausioms Baltijos šalyse karinėms pratyboms „Kardo kirtis“.
Vasario pradžioje, įvertinęs VPT išvadas ir ministerijos atlikto vidaus audito ataskaitą, R.Masiulis kreipėsi į Specialiųjų tyrimų tarnybą (STT) ir Generalinę prokuratūrą prašydamas pradėti ikiteisminį tyrimą ir dėl valstybės įmonės „Oro navigacija“.
BNS anksčiau rašė, kad „Oro navigacijos“ skelbiamas beveik 11 mln. eurų vertės skrydžių valdymo centro rangovo konkursas stringa jau kelerius metus. Susisiekimo ministerijai sukėlė abejonių neskelbiamų derybų būdu pasirinktos Suomijos NRPL ir Prancūzijos „Thales“ – įmonė neatliko rinkos tyrimo potencialiems tiekėjams ir numatomai pirkimo vertei nustatyti. „Oro navigacijos“ už beveik 500 tūkst. eurų iš NRPL įsigyta įranga naudojama kaip pagalbinė, o kad atitiktų ES teisę, ji turės įsigyti kitą įrangą.
Be to, „Oro navigacija“ iš bendrovės „VG Consult“ pagal 2012–2014 metais pasirašytas 5 sutartis įsigijo paslaugų už 171,9 tūkst. eurų. Susisiekimo ministerijai sukėlė abejonių šių paslaugų reikalingumas ir viešųjų pirkimų skaidrumas. Taip pat nustatyta, kad „Oro navigacija“ iš turizmo agentūros „Santika“ 2010–2016 metais įsigijo kelionių organizavimo paslaugų už 692,5 tūkst. eurų – kilo abejonių, ar perkant šias paslaugas buvo laikomasi įstatymo.
