1990 metų spalio 9 dieną Lietuvos Respublikos taryba-Atkuriamasis Seimas priėmė Muitinės laikinąjį įstatymą. Dar po kelių dienų buvo įsteigtas Muitinės departamentas. Per pirmuosius mėnesius jame įsidarbino 30 darbuotojų. Per pirmąjį veiklos pusmetį buvo įkurta 15 muitinių ir 1991 metų pradžioje muitinėje jau dirbo 431 asmuo.
Tuo metu tai buvo pavojinga tarnyba, į kurią ėjo asmenys, ryžtingai nusiteikę liudyti valstybės nepriklausomybę ir apginti šalies ekonominius interesus. Pasienyje sustatytuose statybininkų vagonėliuose dirbę pareigūnai nuolat buvo užpuolami: sovietų kariai mušdavo muitininkus, grasindavo ginklais, stengėsi įbauginti ir priversti netarnauti muitinėje. Vienas skaudžiausių smūgių jaunai tarnybai, taip pat ir valstybei buvo suduotas 1991 m. liepos 31-osios naktį: Medininkų kelio poste žuvo 7 pasienyje dirbę pareigūnai – muitininkai bei policininkai. Sunkiai sužeistas muitininkas Tomas Šernas išgyveno.
Nepaisant užpuolimų, vagonėlių deginimo, muitinė stiprėjo. Sunkiausi tuo metu muitininkams tekę uždaviniai buvo neleisti išvežti maisto produktų, nes 1990–1993 metais kraštui trūko maisto. Tačiau pagunda į Lenkiją ir kitas šalis vežti maisto produktus, spalvotuosius metalus, cigaretes, degtinės gaminius ir buitinę techniką, kurie ten kainavo brangiau, buvo didžiulė, tad 1991 m. rugpjūčio mėn. Lazdijų muitinės viršininkas sakė, kad „per parą muitinė praleidžia maždaug 55 krovininius sunkvežimius, 80 autobusų, 550 lengvųjų automobilių“.
Prie Lazdijų posto susidarydavo 6–7 kilometrų ilgio eilės, kuriose buvo laukiama po keletą parų. Vėliau dešimties kilometrų krovininių vilkikų eilės driekdavosi prie Kalvarijos kelio posto, kuris buvo visų Baltijos šalių vartai į Europą.
1993 metais buvo priimti nuolatiniai Lietuvos Respublikos muitinės ir Muitų tarifų įstatymai, muitų tarifu pradėta reguliuoti užsienio prekyba. Gerėjo muitininkų kvalifikacija, darbo sąlygos. Vis daugiau buvo statoma muitinės pastatų, per kelerius metus pasienyje neliko vagonėlių. Daugiausia žmonių muitinės sistemoje dirbo 2002 metais – 3369 pareigūnai ir darbuotojai. Stiprėjanti muitinės institucija darė teigiamą įtaką muitinės indėliui į šalies biudžetą. Muitinės įplaukų kasmet daugėjo: 1992 m. Lietuvos muitinė surinko 9,9 mln. litų muitų ir mokesčių, 1997 m. – 2 mlrd. 904 mln. litų, 2003 m. – 3 mlrd. 432 mln. litų. Prieš Lietuvos narystę Europos Sąjungoje muitinės įplaukos sudarė beveik pusę šalies biudžeto pajamų.
Ypatinga diena buvo 2004 m. gegužės 1-oji – Lietuvos narystė Europos Sąjungoje iš esmės pakeitė muitinės veidą: iš institucijos, kurios pagrindinė funkcija buvo rinkti mokesčius į valstybės biudžetą, ji tapo viena iš svarbiausių Europos Sąjungos ekonominės rinkos ir visuomenės saugumo įrankių.
Muitinės veikla visais laikais buvo neatsiejama nuo kovos su kontrabanda. Per pastaruosius penkiolika metų muitinės pareigūnų konfiskuotų cigarečių pakeliais (beveik 60 milijonų) būtų galima 17 kartų nukloti kelią nuo Vilniaus iki Klaipėdos. Likviduota nelegalių cigarečių ir alkoholio fabrikų visoje Lietuvoje, aptikta ginklų, sulaikyta 3,5 tonos narkotinių ir psichotropinių medžiagų, daugiau kaip milijonas klastotų prekių, tūkstančiai klastotų eurų ir dolerių.
Šiuo metu muitinėje dirba 2359 pareigūnai ir darbuotojai. Vidutiniškai per parą per valstybės sieną pravažiuoja daugiau nei 1000 krovininių automobilių, 85 autobusai ir beveik 2000 lengvųjų automobilių. 2014 metais įformintos 250 tūkst. importo ir 532 tūkst. eksporto deklaracijų. 99 procentai deklaracijų įforminta elektroniniu būdu. Pernai taip pat muitinėje įforminta beveik 1,2 mln. tranzito procedūrų.
Penktadienį, minint Lietuvos muitinės 25-ąsias veiklos metines, Mokslų akademijoje vyks iškilmingas minėjimas, kuriame dalyvaus svečiai iš aukščiausių valstybės institucijų, buvę Muitinės departamento vadovai, Medininkų žudynių liudininkas Tomas Šernas ir Medininkų tragedijos aukų artimieji, muitinės pareigūnai. Už pavyzdingą pareigų atlikimą muitinės pareigūnus ir darbuotojus apdovanos Muitinės departamento generalinio direktoriaus pavaduotoja, atliekanti generalinio direktoriaus funkcijas, Ramutė Liupkevičienė. Renginio dalyvius džiugins klasikinės muzikos koncertas.
