AB „Mažeikių nafta“ visuomet laikėsi pozicijos, kad bauda buvo skirta nepagrįstai. Bendrovė Konkurencijos tarybos sprendimą apskundė Vilniaus apygardos administraciniam teismui, kuris 2007 metų birželį nusprendė, kad „Mažeikių nafta“ nepažeidė konkurencijos reikalavimų ir bauda buvo paskirta nepagrįstai, teigiama „Mažeikių naftos“ pranešime spaudai.
2008 metų gruodį Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas savo nutartyje taip pat konstatavo, jog kaltinimai „Mažeikių naftai“, kad ši parduodama Lietuvoje naftos produktus brangiau nei kitose Baltijos šalyse piktnaudžiavo dominuojančia padėtimi, yra nepagrįsti. Teismas nurodė Konkurencijos tarybai grąžinti baudą, kurią „Mažeikių nafta“ sumokėjo 2006 metų pradžioje.
AB „Mažeikių nafta“ reikalaus atlyginti su teismų procesais susijusias išlaidas ir sumokėti palūkanas nuo nepagristai skirtos ir sumokėtos baudos sumos.
