Lietuvos merų klubas įkurtas 1992 metais (tuo metu vadinosi Lietuvos didžiųjų miestų ir kurortų sąjunga) ir buvo vienintelė visuomeninė organizacija, atstovaujanti narių – savivaldybių – interesus Seime ir Vyriausybėje.
Šios sąjungos specialistų ir vadovų pastangomis buvo įkurta Lietuvos savivaldybių asociacija. Siekiant nedubliuoti abiejų organizacijų veiklos, Didžiųjų miestų sąjunga reorganizuota į Lietuvos merų klubą.
