Prie VMVT iš viso bus prijungtos 50 jai pavaldžių įstaigų: 10 apskričių valstybinių maisto ir veterinarijos tarnybų (Klaipėdos apskrities valstybinė maisto ir veterinarijos tarnyba iš dalies bus prijungta prie VMVT, iš dalies – prie Nacionalinio maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo instituto), 34 rajonų valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos, 5 miestų valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos bei Maisto ir veterinarijos vidaus audito tarnyba.
Įvykdžius reorganizaciją, VMVT bus centralizuotai organizuojami ir vykdomi viešieji pirkimai, buhalterinė apskaita, personalo valdymas, ūkio valdymas ir administravimas, centralizuojama vidaus audito ir valstybinės maisto bei veterinarinės kontrolės audito sistema. Tokiu būdu bus užtikrintas racionalesnis valstybės biudžeto lėšų, turimų žmoniškųjų ir materialiųjų išteklių panaudojimas.
