Nuo 2007 metų, kai buvo priimtas sprendimas siųsti Lietuvos SOP karius dalyvauti NATO vadovaujamoje Tarptautinių saugumo paramos pajėgų (angl. International Security Assistance Force, ISAF) operacijoje Afganistane, misiją šalies Kandaharo provincijoje atliko jau septyni eskadronai. Afganistane kartu su NATO sąjungininkais SOP kariai vykdo specialiąją žvalgybą, dalyvauja kovinėse operacijose, teikia paramą vietos valdžios institucijoms, padėdami šioms perimti atsakomybę už savo šalies saugumo užtikrinimą.
Anksčiau, 2002–2004 metais, SOP kariai Afganistane taip pat dalyvavo JAV vadovaujamoje antiteroristinėje operacijoje „Tvirta taika“ (angl. „Enduring Freedom“).
