Specialistai konstatavo, kad bažnyčios būklė nėra avarinė, tačiau jų teigimu, pirmiausia bažnyčioje reikia restauruoti bokštelius, konservuojant išlikusį autentišką mūrą bei restauruoti stogą, keičiant susidėvėjusias stogo čerpes naujomis. Taip pat atlikti būtinus remonto darbus - navos perdangos šiltinimą, vandens nuvedimo sistemos įrengimą ir apsaugos nuo žaibo elementų atnaujinimą. Vykdant šiuos darbus, galima būtų lygiagrečiai atlikti trūkstamus fasadų mūro būklės tyrimus, o juos atlikus, parengti mūro konservavimo ir restauravimo projektą.
Antrajame etape bus tvarkomi bažnyčios fasadų mūrai, keičiami langai, trečiajame etape tvarkomas bažnyčios interjeras. Visus darbus, kurie prasidės šiemet, planuojama baigti iki 2011 metų.
Šv. Onos bažnyčios stogo ir bokštelių restauravimo darbams atlikti numatyta 993,6 tūkst. Lt. Iš jų – 762,9 tūkst. Lt valstybės biudžeto lėšų ir 230,7 tūkst. Lt – Vilniaus arkivyskupijos lėšų. Šių lėšų turėtų pakakti pirmajame etape numatytiems darbams.