Audito metu nustatyta, jog ministerija ir jai pavaldžios įstaigos dalį biudžeto asignavimų suplanavo, naudojo ir apskaitė pagal netinkamus ekonominės klasifikacijos straipsnius, todėl apie 60 proc. patirtų išlaidų neparodė tikros jų ekonominės paskirties.
Taip pat buvo padaryta klaidų tvarkant ilgalaikio ir trumpalaikio turto, įsipareigojimų, pajamų ir sąnaudų apskaitą. Dauguma auditorių nurodytų klaidų jau buvo ištaisytos audito metu ir imtasi priemonių Valstybės kontrolės pateiktoms rekomendacijoms įgyvendinti.
Šio, kaip ir 2010 metų finansinio audito metu, nustatyta, jog dalis (254,9 tūkst. Lt) Aplinkos apsaugos rėmimo programos lėšų, skirtų aplinkai padarytai žalai mažinti, buvo panaudotos kitiems tikslams: priešgaisrinės įrangos įsigijimui dotuoti, daugiabučių namų modernizavimo ir parodos „EXPO 2012“ viešinimo paslaugoms apmokėti ir kt.
Auditoriai taip pat nustatė, jog Aplinkos ministerija neužtikrino, kad 2003–2010 metais gautos ir aplinkos investiciniams projektams nepanaudotos Lietuvos aplinkos apsaugos investicijų fondo, 2011 m. sausio 1 d. iš viešosios įstaigos pertvarkyto į biudžetinę, lėšos būtų grąžintos į biudžetą ir naudojamos laikantis nustatytos jų išdavimo tvarkos. Ministerijos vidaus audito tarnyba turės nustatyti, kokia dalis lėšų yra gauta iš valstybės biudžeto ir remiantis audito rezultatais bus priimti sprendimai dėl lėšų grąžinimo į valstybės biudžetą.
Kai kuriose ministerijai pavaldžiose įstaigose (Aplinkos apsaugos agentūroje ir Valstybinei saugomų teritorijų tarnybai pavaldžioje įstaigoje Dzūkijos nacionalinio parko ir Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato direkcijoje) taip pat rasta viešųjų pirkimų procedūrų pažeidimų: tiekėjo pasiūlytos darbų apimtys neatitiko pirkimo dokumentuose numatyto poreikio, buvo perkamos sutartyse nenumatytos prekės.
Papildyta 11:42: Aplinkos ministerija teigia, jog Valstybės kontrolės nustatyti trūkumai ir netikslumai dėl 2011 metų finansinės veiklos jau yra ištaisyti arba taisomi šiuo metu.
Anot ministerijos pranešimo spaudai, reikia įvertinti tai, jog pastabos pareikštos tik dėl mažos dalies Aplinkos ministerijos bei jai pavaldžių 60 įstaigų valdomų biudžeto asignavimų.
Atsakydama į priekaištus dėl į valstybės biudžetą negrąžintų lėšų, ministerija teigia, kad priekaištaujama dėl esą neatlikto darbo, kuris šiuo metu kaip tik ir atliekamas, kadangi ministerijos Vidaus audito tarnyba šiuo metu nustatinėja tikslų šių lėšų dydį, o tai padarius pinigai ir bus grąžinti.
Į Valstybės kontrolės pastabas dėl Aplinkos apsaugos rėmimo programos lėšų naudojimo, kaip konstatuoja ir patys auditoriai, yra atsižvelgta – po pranešime minimo atskiro 2011 metų šios programos vykdymo audito. „Taigi, nei daugiabučių namų modernizavimo, nei pasaulinės parodos „EXPO 2012“ viešinimui šie pinigai nėra naudojami, lygiai taip pat kaip įrangos ar kitų prekių įsigijimui", - tvirtina ministerija.
