Valstybės kontrolė nustatė, kad ministerija neužtikrino, jog Lietuvos religinėms bendruomenėms, bendrijoms ir centrų maldos namams iš valstybės biudžeto skirtos lėšos (1 796,9 tūkst. Lt) būtų panaudotos teisėtai, ekonomiškai, efektyviai ir rezultatyviai. Ministerija, skirdama lėšas minėtiems subjektams, nesudarė su jais sutarčių dėl lėšų panaudojimo. Lėšų gavėjai ministerijai teikė tik apibendrintą informaciją, pagal kurią negalima nustatyti, ar biudžeto lėšos naudotos programos tikslams vykdyti.
Valstybės kontrolė taip pat negalėjo patvirtinti, kad Finansų ministerija už suteiktas skolų administravimo paslaugas Turto bankui sumokėjo teisingą sumą – 3 492 tūkst. Lt. 2011 m. nebuvo patvirtintas mokamo atlygio už skolų administravimą dydis. Buvo taikomas 2010 m. patvirtintas planinis 12,26 proc. dydžio išieškotų sumų atlygis. Pasirinktas atlygio dydžio apskaičiavimas tik pagal planinius rodiklius – neobjektyvus.
Audito metu pažeidimų nustatyta ir Finansų ministerijai pavaldžiose įstaigose. Valstybinė mokesčių inspekcija prie Finansų ministerijos savo veiklai vykdyti pirmiausia naudojo ne inspekcijos pajamų įmokas, o valstybės biudžeto asignavimus. Taip buvo pažeistas Biudžeto sandaros įstatymas, kad pirmiausia privalu naudoti ne valstybės biudžeto asignavimus, o pajamų įmokas. Jei lėšos būtų naudotos reglamentuota tvarka, asignavimai būtų likę biudžete.
Finansų ministerijos mokymo centre auditoriai nustatė Viešųjų pirkimų įstatymo pažeidimų. Ši biudžetinė įstaiga įsigijo dalomąją medžiagą arba paskaitas su dalomąja medžiaga netaikydama viešojo pirkimo procedūrų.
