Daugiausia pastabų valstybiniai auditoriai turėjo dėl apskričių valdytos valstybinės žemės apskaitos. Nustatyta, kad 4,2 mlrd. Lt vertės žemės sklypų duomenys nesuderinti su Registrų centru. Apie apskaitos problemas auditoriai apskričių administracijas buvo informavę jau 2008-2010 m. finansinių auditų metu, tačiau apskritys jų neišsprendė, išskyrus Šiaulių apskrities administraciją ir Telšių administracijos Plungės žemėtvarkos skyrių. Todėl auditoriai negalėjo patvirtinti daugumos administracijų Nacionalinei žemės tarnybai perduotų valstybinės žemės sklypų duomenų teisingumo.
Nustatyta, kad dalis apskričių administracijų buhalterinę apskaitą tvarkė pažeisdamos buhalterinės apskaitos reikalavimus. Pavyzdžiui, Vilniaus apskrities administracija netinkamai tvarkė įsiskolinimų už išsimokėtinai parduotus žemės sklypus apskaitą, todėl auditoriai negalėjo patvirtinti Nacionalinei žemės tarnybai perduoto daugiau nei 91 mln. Lt šių įsiskolinimų likučio tikslumo ir teisingumo; Utenos apskrities administracija į apskaitą neįtraukė visų ūkinių operacijų, o Tauragės ir Utenos apskričių administracijos neparengė ir nepateikė dalies finansinių ataskaitų.
Valstybiniai auditoriai konstatavo, kad Koordinacinė apskričių viršininkų administracijų likvidavimo komisija neįvertino galimybės kartu su perduodamomis apskričių funkcijomis perkelti ne tik dalį administracijų valstybės tarnautojų, bet ir pagal darbo sutartis dirbusių asmenų. Su pastaraisiais darbuotojais nutraukus darbo sutartis, dalis jų buvo priimti į Nacionalinę žemės tarnybą, prieš tai jiems išmokėjus daugiau kaip 1,5 mln. Lt išeitinių kompensacijų.
Pažeidimų rasta ir apskritims naudojant valstybės biudžeto lėšas ir valdant turtą. Pavyzdžiui, Šiaulių apskrities administracija nepagrįstai nurašė daugiau nei 13 tūkst. Lt beviltišku nepripažintą įsiskolinimą, Kauno apskrities administracija, pažeisdama teisės aktus, daugiau nei 12 tūkst. Lt valstybės biudžeto lėšų panaudojo priedams, priemokoms ir kompensacijoms mokėti, o Vilniaus apskrities administracija už 8,5 tūkst. Lt įsigijo teisines paslaugas, susijusias su sveikatos priežiūros įstaigos valdymu, nors Vyriausybė jau buvo nutarusi šią įstaigą perduoti Vilniaus miesto savivaldybei. Auditoriai konstatavo, kad pastarosios lėšos panaudotos neracionaliai.
Valstybiniai auditoriai taip pat pažymėjo, kad Vilniaus miesto savivaldybė valstybei neperdavė 2 tūkst. m2 patalpų, esančių Europos a. 1, kuriose anksčiau buvo įsikūrusi Vilniaus apskrities administracija. Šios patalpos pagal Vilniaus apskrities viršininko administracijos 2002 m. sutartį su Vilniaus miesto savivaldybe privalo būti perduotos valstybei. Šiuo metu šias patalpas valdo UAB „Vilniaus vystymo kompanija“.
Valstybės kontrolė Vyriausybei rekomendavo priimti teisės aktų pakeitimus, kurie sudarytų galimybę kitoms biudžetinėms įstaigoms perimti likviduojamų įstaigų darbdavio prievoles, kai šių įstaigų funkcijos yra perduodamos ir ketinama perkelti dalį pagal darbo sutartis dirbančių darbuotojų. Taip būtų sutaupytos valstybės biudžeto lėšos, skirtos išeitinėms išmokoms mokėti. Valstybės turto fondui nurodyta imtis priemonių, kad Vilniaus miesto savivaldybė valstybei perduotų administracines patalpas. Rekomendacijos pateiktos ir Sveikatos apsaugos bei Socialinių reikalų ir darbo ministerijoms. Valstybiniai auditoriai pažymi, kad Nacionalinė žemės tarnyba ir Kūno kultūros ir sporto departamentas daugumą rekomendacijų įgyvendino jau audito metu.
