Dėl miesto įsiskolinimų ir sunkios finansinės padėties šių metų biudžete Vilniaus miesto savivaldybės tarybos sprendimu Centro išlaikymui buvo skirta 1,5 mln. Lt, nors iki tol kasmet iš miesto biudžeto buvo skiriama daugiau nei 5,5 mln. Lt.
Pasak savivaldybės administracijos vadovų, Vilniaus miestas neturi iš ko mokėti už teikiamas paslaugas ne vilniečiams. Pernai metų duomenimis, pacientams iš kitų Lietuvos regionų suteikta paslaugų daugiau nei už 1 mln. Lt. Nors didieji Lietuvos miestai turi savo Priklausomybės centrus, kurie finansuojami iš Valstybės biudžeto.
Vyriausybė 2012 m. spalio 10 d. nutarimu patvirtino Priklausomybės ligų prevencijos, gydymo, reabilitacijos ir reintegracijos paslaugų sistemos sukūrimo gaires, kurių 16 punkte nustatyta, kad „užtikrinant asmens sveikatos priežiūros paslaugų prieinamumą apdraustiems ir neapdraustiems privalomuoju sveikatos draudimu asmenims, sergantiems priklausomybėmis nuo psichoaktyviųjų medžiagų vartojimo, tikslinga reorganizuoti Vilniaus, Kauno, Klaipėdos, Šiaulių ir Panevėžio priklausomybės ligų centrus ir įsteigti asmens sveikatos priežiūros biudžetinę įstaigą – Valstybinį priklausomybės ligų centrą su filialais Vilniuje, Kaune, Klaipėdoje, Šiauliuose ir Panevėžyje bei personalo, teikiančio pagalbą asmenims, sergantiems priklausomybės ligomis, mokymo ir kvalifikacijos kėlimo centrą“.
Didžiausių Lietuvos miestų – Kauno, Klaipėdos, Šiaulių ir Panevėžio – savivaldybių reguliavimo sričiai priskirti Priklausomybės ligų centrai jau nuo 2010 metų yra finansuojami iš valstybės biudžeto, skiriant valstybės tikslinę dotaciją, kurios bendras metinis biudžetas yra − 4,5 mln. Lt.
