UAB „Etnomedijos Intercentras“ ieškinys SAM buvo pateiktas 2009 m. Po ketverius metus trukusio bylinėjimosi Aukščiausiasis Teismas 2013 m. lapkričio 4 d. galutinėje ir neskundžiamoje nutartyje konstatavo, kad ministerija, kurdama nacionalinės elektroninės sveikatos sistemą ir sudariusi sutartį su bendrove „Etnomedijos Intercentras“, padarė esminių pažeidimų, kai ministerijos darbuotojai nepaisė sutarčių vykdymo principų, neužtikrino tinkamo atliktų darbų finansavimo. Todėl teismas priėmė galutinę ir neskundžiamą nutartį, kuria buvo priteista daugiau nei 2 mln. litų suma UAB „Etnomedijos Intercentras“.
Ministras V.P.Andriukaitis taip pat pavedė SAM Vidaus audito departamentui įvertinti, dėl kokių priežasčių Nacionalinės elektroninės sveikatos sistemos (NESS-2) kūrimas ir priėmimas SAM vyko nesklandžiai.
Ministrui turės būti pateiktos rekomendacijos, kaip spręsti SAM tarnautojų ir darbuotojų, galimai dėl kurių veiklos ar neveikimo SAM patirs žalą, atsakomybės klausimus. Ministras taip pat įpareigojo atlikti SAM tarnautojų ir darbuotojų, susijusių su 2007 m. birželio 15 d. pasirašytos sutarties su UAB „Etnomedijos intercentras“, vykdymu veiklos tarnybinį patikrinimą.
