Kaip prašuma pranešime, dėl savo retumo ir paslaptingumo jis ypač saugomas visoje Europos Sąjungoje, šio drugio apsaugai steigiamos „Natura 2000“ teritorijos.
Iki šiol Lietuvoje salpinis pelėdgalvis nebuvo fiksuotas ir jo apsaugai skirtų „Natura 2000“ teritorijų dar nėra, bet pastarųjų metų stebėjimai turėtų situaciją pakeisti. Panašu, jog Lietuva yra šios rūšies arealo centras.
