Valstybės kontrolierė Rasa Budbergytė teigia, kad ES paramos panaudojimui būtina akylesnė priežiūra. Pasak jos, atliekant auditą nustatyti faktai rodo, kad valstybės institucijos turėtų pagerinti lėšų valdymą ir sustiprinti jų naudojimo kontrolę.
Pasak valstybės kontrolės, lėšų naudojimą labiausiai stabdė užsitęsęs teisės aktų rengimas – tiek ES, tiek Lietuvos institucijose. Tačiau ir panaudotos lėšos iki 2009 metų pradžios nebuvo deklaruotos Europos Komisijai, todėl auditoriai teigia negalėję įvertinti jų panaudojimo.
Auditas taip pat parodė, kad 2008–aisiais nebuvo aiškiai apibrėžtos valstybės institucijų funkcijos, užduotys formuluotos neaiškiai, o kaip jos vykdomos – prižiūrima nepakankamai.
Auditoriai atkreipė dėmesį ir į tai, kad 2008–aisiais nebuvo taisyklių, reglamentuojančių, kaip turėtų būti grąžinta neteisėtai išmokėta finansinė parama.
2007–2013 metų finansavimo laikotarpiu Lietuva iš ES fondų gaus 23 mlrd. litų paramos.
