Valstybiniai auditoriai nustatė, kad abiejose savivaldybėse buvo netinkamai panaudota dalis joms skirtų mokinio krepšelio lėšų. Pavyzdžiui, kai kuriose Vilniaus mokyklose 2010 metams skirti 475 tūkst. Lt panaudoti 2011 metų išlaidoms apmokėti, nors tai ir draudžia teisės aktai, o 48 tūkst. Lt išleisti ne pagal paskirtį – mokyklų ūkio išlaidoms padengti, nors tam turėjo būti naudojamos savivaldybės biudžeto lėšos. Identiškas pažeidimas nustatytas ir keturiose Kauno miesto mokyklose, kurios 108 tūkst. Lt panaudojo mokyklų ūkio išlaidoms. Kauno savivaldybė netinkamai panaudotas lėšas jau grąžino į valstybės biudžetą, Vilniaus savivaldybė pervedė 43 tūkst. Lt.
Auditoriai įvertino Vilniaus savivaldybėje įgyvendinto viešosios įstaigos „Menų spaustuvė“ įrangos įsigijimo ir jos įrengimo investicinio projekto sutarčių vykdymą. Nustatyta, kad viešoji įstaiga, atsisakiusi dalies jau įsigytų darbų ir įrangos, be viešųjų pirkimų procedūrų iš to paties tiekėjo už daugiau nei 1,8 mln. Lt įsigijo naują įrangą ir jos montavimo darbus. Sutartyje nebuvo nustatytos ir užsakovo rezervo naudojimo kainodaros taisyklės, todėl auditoriai neturėjo galimybių įvertinti, ar 97 tūkst. Lt papildomai įrangai ir jos įdiegimo darbams įsigyti buvo panaudoti racionaliai.
Pastabų Vilniaus miesto savivaldybei auditoriai turėjo ir dėl Vilniaus greitosios pagalbos universitetinės ligoninės nebaigto statyti korpuso rekonstrukcijos. Statybos rangos sutartyje nesant nustatytų kainodaros taisyklių, auditoriai neturėjo galimybių įvertinti, ar racionaliai panaudoti 164 tūkst. Lt, kuriuos rangovui savivaldybės valdoma UAB „Vilniaus vystymo kompanija“ 2010 metais sumokėjo už techninio projekto koregavimą ir kitas paslaugas. Be to, be viešojo pirkimo procedūrų iš rangovo už 43 tūkst. Lt buvo įsigyti papildomi statybos darbai, taip pažeidžiant viešųjų pirkimų įstatymo nuostatas.
Nustatyta, kad Vilniaus miesto savivaldybė su privačiomis bendrovėmis sudarė sutartis dėl viešųjų darbų programos organizavimo, kuriose aiškiai nenustatė, kokius viešuosius darbus ketina finansuoti, kokia yra atsiskaitymo už atliktus darbus tvarka, todėl auditoriai negalėjo įvertinti, ar savivaldybėje 349 tūkst. Lt specialiosios tikslinės dotacijos lėšų panaudota viešiesiems darbams organizuoti, o ne privačių bendrovių veiklai finansuoti.
Kauno miesto savivaldybei auditoriai turėjo pastabų dėl investicinio projekto Kauno pramogų ir sporto rūmų Nemuno saloje projektavimo darbų. Savivaldybė projektavimo darbų sutartyse nenustatė atskirų statinio projekto dalių kainų ir pasirašė nedetalius atliktų darbų aktus, todėl neturėjo galimybės kontroliuoti, kokie darbai atskirais etapais buvo atlikti ir kiek už juos turėjo būti sumokėta, nors pradinė projektavimo darbų sąmata ir nebuvo viršyta.
Auditoriai atkreipė dėmesį, kad nors 2010 m. Vyriausybė buvo rekomendavusi metų pabaigoje iš sutaupytų darbo užmokesčio fondo lėšų nemokėti vienkartinių išmokų, tačiau Vilniaus savivaldybė metų pabaigoje švietimo įstaigų darbuotojams išmokėjo 406 tūkst. Lt vienkartinių piniginių išmokų. Per visus 2010 metus savivaldybės pedagogams išmokėtas daugiau nei milijonas Lt išmokų.
Valstybės kontrolė savivaldybėms pateikė konkrečias rekomendacijas, kurios turėtų užtikrinti, kad valstybės biudžeto lėšos būtų naudojamos ir turtas valdomas racionaliai, teisės aktuose nustatyta tvarka.
