Pirmoji – didžiulis šilto vandens susikaupimas Ramiojo vandenyno vakaruose. Prieš El Ninjo dažnai pasireiškia La Ninja, kurios metu stiprūs pasatai šiltą paviršinį vandenį stumia Australijos ir Indonezijos link. Kai vėjai susilpnėja arba pakeičia kryptį, šis vanduo plūsta atgal į rytus. Dėl ilgalaikio pasaulinio atšilimo vandenynai jau yra šiltesni, todėl sukaupta šiluma dar labiau sustiprina El Ninjo.
Antroji – stiprūs vakarų vėjų gūsiai, kurie šiltą vandenį stūmė Pietų Amerikos link. Jie sukėlė povandenines šilto vandens bangas, kurios gilino šilto vandens sluoksnį rytinėje Ramiojo vandenyno dalyje. Dėl to šaltas vanduo sunkiau pasiekia paviršių, o vandenynas į atmosferą perduoda dar daugiau šilumos.
Mokslininkai vis dar nėra tikri, ar dėl klimato kaitos El Ninjo reiškiniai tampa stipresni. Turimų stebėjimų ir klimato modelių nepakanka tvirtoms išvadoms. Tačiau aišku, kad visuotinis atšilimas sustiprina El Niño sukeliamus padarinius – didina karščio bangų, potvynių, sausrų ir miškų gaisrų riziką.
